1988 онд Пакистанд ерөнхийлөгч Зиа-ул-Хак нас барсны дараа бүх нийтийн сонгууль болж ардчилал дахин сэргэв.Эдгээр сонгуулиар Пакистаны Ардын нам (ХХН) засгийн эрхэнд эргэн ирж, Беназир Бхутто Пакистаны анхны эмэгтэй Ерөнхий сайд, лалын шашинтай улсын анхны эмэгтэй засгийн газрын тэргүүн болсон юм.1999 он хүртэл үргэлжилсэн энэ үе нь Наваз Шариф тэргүүтэй баруун төвийн консерваторууд, Беназир Бхуттогийн удирдлаган дор зүүн төвийн социалистууд бүхий өрсөлдөөнт хоёр намын тогтолцоогоор тодорхойлогддог.Бхутто бүрэн эрхийнхээ хугацаанд Пакистаныг хүйтэн дайны сүүлчийн үе шатанд удирдан чиглүүлж, коммунизмд үл итгэх байдлаас үүдэн барууны талыг баримтлагч бодлого баримталсаар байв.Түүний засгийн газар Афганистанаас Зөвлөлтийн цэргийг гаргасныг гэрчилсэн.Гэвч Пакистаны атомын бөмбөгийн төслийг олсон нь АНУ-тай харилцаагаа хурцатгаж, эдийн засгийн хориг арга хэмжээ авахад хүргэсэн.Бхуттогийн засгийн газар Афганистанд ч сорилттой тулгарсан бөгөөд цэргийн оролцоо амжилтгүй болсны улмаас тагнуулын албаны дарга нар халагдсан байна.Долоо дахь таван жилийн төлөвлөгөө зэрэг эдийн засгийг сэргээх хүчин чармайлтыг үл харгалзан Пакистанд зогсонги байдалд орж, Бхуттогийн засгийн газрыг консерватив Ерөнхийлөгч Гулам Исхак Хан огцруулжээ.