Первез Мушарраф 1999-2007 онд ерөнхийлөгчөөр ажилласан нь Пакистанд анх удаа либерал хүчнийхэн томоохон эрх мэдлийг атгаж байсан түүхтэй.Эдийн засгийг либералчлах, хувьчлах, хэвлэл мэдээллийн эрх чөлөөний талаар санаачилга гаргаж, Ситибанкны гүйцэтгэх захирал Шаукат Азиз эдийн засгийг хяналтдаа авчээ.Мушаррафын засгийн газар либерал намуудын улс төрийн ажилчдад өршөөл үзүүлж, консерватив болон зүүний үзэлтнүүдийг зайлуулжээ.Мушарраф Энэтхэгийн соёлын нөлөөг эсэргүүцэх зорилготой хувийн хэвлэл мэдээллийн хэрэгслийг ихээхэн өргөжүүлсэн.Дээд шүүх 2002 оны 10-р сар гэхэд бүх нийтийн сонгууль явуулахыг даалгасан бөгөөд Мушарраф 2001 онд Афганистан руу АНУ-ын довтолгоог дэмжсэн. Кашмирын асуудлаар Энэтхэгтэй хурцадмал байдал үүссэн нь 2002 онд цэргийн мөргөлдөөнд хүргэсэн.Мушарраф 2002 онд маргаантай гэж үзсэн бүх нийтийн санал асуулгаар түүний ерөнхийлөгчийн бүрэн эрхийг сунгасан юм.2002 оны бүх нийтийн сонгуулиар либерал ба төвийн үзэлтнүүд олонхийн суудал авч, Мушаррафын дэмжлэгтэйгээр засгийн газраа байгуулжээ.Пакистаны Үндсэн хуулийн 17 дахь нэмэлт өөрчлөлтөөр Мушаррафын үйлдлийг буцаан хуульчилж, ерөнхийлөгчийн бүрэн эрхийг нь сунгасан.Шаукат Азиз 2004 онд Ерөнхий сайд болсон бөгөөд эдийн засгийн өсөлтөд анхаарлаа хандуулсан ч нийгмийн шинэчлэлийн эсэргүүцэлтэй тулгарсан.Мушарраф, Азиз нар Аль-Каидатай холбоотой хэд хэдэн аллагын оролдлогоос амьд үлджээ.Олон улсад цөмийн зэвсгийг түгээн дэлгэрүүлсэн гэх мэдээлэл тэдний итгэлийг гутаасан.Гэр бүлийн сорилтууд нь овог аймгуудын нутаг дэвсгэр дэх мөргөлдөөн, 2006 онд Талибантай эвлэрэл байгуулсан боловч шашны бүлэглэлийн хүчирхийлэл үргэлжилсээр байв.