1999 онд Пакистанд генерал Первез Мушарраф болон Нэгдсэн штабын штабын цэргийн албан хаагчдын удирдсан цэргийн эргэлт цусгүй болсон юм.Тэд аравдугаар сарын 12-нд Ерөнхий сайд Наваз Шарифын иргэний засгийн газрыг хяналтдаа авсан юм.Хоёр хоногийн дараа Мушарраф Гүйцэтгэх засаглалын тэргүүний хувиар Пакистаны Үндсэн хуулийг түдгэлзүүлэв.Энэхүү төрийн эргэлт нь Шарифын засаг захиргаа болон цэргийнхэн, ялангуяа генерал Мушаррафтай зөрчилдөөн хурцадсанаас үүдэлтэй юм.Шариф Мушаррафыг армийн даргаар сольж дэслэгч генерал Зиауддин Баттаар томилохыг оролдсон нь цэргийн өндөр албан тушаалтнуудын эсэргүүцэлтэй тулгарч, Баттыг саатуулахад хүргэв.Төрийн эргэлтийн гүйцэтгэл маш хурдан байсан.17 цагийн дотор цэргийн командлагчид засгийн газрын гол байгууллагуудыг эзлэн авч, Шариф болон түүний засаг захиргаа, түүний дотор дүүг нь гэрийн хорионд оруулав.Цэргийнхэн мөн чухал харилцаа холбооны дэд бүтцийг хяналтандаа авчээ.Ерөнхий шүүгч Иршад Хассан Ханаар ахлуулсан Пакистаны Дээд шүүх тулааны хуулийг "шаардлагатай гэсэн сургаал"-ын дагуу баталсан ч түүний үргэлжлэх хугацааг гурван жилээр хязгаарлав.Шарифыг Мушаррафыг тээвэрлэж явсан онгоцонд хүний ​​амь насанд аюул учруулсан хэргээр шүүж, ялласан нь маргаан үүсгэсэн шийдвэр юм.2000 оны арванхоёрдугаар сард Мушарраф гэнэтийн байдлаар Шарифыг өршөөж, дараа нь Саудын Араб руу нисчээ.2001 онд Мушарраф Ерөнхийлөгч Рафик Тарарыг огцрохыг албадасны дараа Ерөнхийлөгч болсон.2002 оны 4-р сард болсон бүх нийтийн санал асуулгыг олон хүн хуурамч гэж шүүмжилж, Мушаррафын засаглалыг сунгасан.2002 оны бүх нийтийн сонгуулиар ардчилалд эргэн ирж, Мушаррафын удирдсан PML(Q) цөөнхийн засгийн газрыг байгуулжээ.