Эзлэн түрэмгийллийн үед үндэстэн ястны хурцадмал байдал үүсч, үндсэрхэг үзэл улам бүр нэмэгдэв.^[82] Их Британи дампуурч, Лейбористын шинэ засгийн газар Дорнодоос цэргээ татах хүсэлтэй байв.Гэвч ихэнх малайчууд Британичуудаас тусгаар тогтнолыг шаардахаас илүүтэйгээр МНН-ын эсрэг өөрсдийгөө хамгаалахад санаа тавьдаг байв.1944 онд Британичууд Малайзын Холбооны нэгдэл байгуулах төлөвлөгөөг боловсруулж, тусгаар тогтнолын үүднээс Холбооны болон Холбоогүй Малайзын улсууд болон Пенанг, Малакка (гэхдээ Сингапур биш) нэг титэм колони болгон хувиргах болно.Эцсийн эцэст тусгаар тогтнолоо олж авахыг зорьсон энэхүү алхам нь Хятад үндэстэн болон бусад цөөнхөд тэгш иргэншил олгохоор санал болгосонтой холбоотойгоор Малайчуудын ихээхэн эсэргүүцэлтэй тулгарсан.Британичууд дайны үед эдгээр бүлгүүдийг Малайчуудаас илүү үнэнч гэж үздэг байв.Энэхүү эсэргүүцэл нь 1948 онд Малайзын холбоог татан буулгахад хүргэж, Малайзын Холбоонд байраа өгч, Их Британийн хамгаалалтад Малайзын эрх баригчдын бие даасан байдлыг хадгалж үлдсэн юм.Улс төрийн эдгээр өөрчлөлттэй зэрэгцэн үндсэндээ Хятад үндэстний дэмжлэгтэй Малайзын Коммунист Нам (МХН) хүчээ авч байв.МКП анх хууль ёсны нам байсан бөгөөд Британичуудыг Малайгаас хөөн гаргах хүсэл эрмэлзэлтэйгээр партизаны дайн руу шилжсэн.1948 оны 7-р сар гэхэд Британийн засгийн газар онц байдал зарласнаар MCP ширэнгэн ой руу ухарч, Малайзын Ардын чөлөөлөх арми байгуулахад хүргэв.Энэхүү мөргөлдөөний үндсэн шалтгаан нь Хятад үндэстнийг гадуурхсан үндсэн хуулийн өөрчлөлтөөс эхлээд тариаланчдыг тариалангийн талбай хөгжүүлэхээр нүүлгэн шилжүүлэх хүртэл байв.Гэсэн хэдий ч МНН дэлхийн коммунист гүрнүүдээс хамгийн бага дэмжлэг авсан.1948-1960 он хүртэл үргэлжилсэн Малайзын онц байдлын үед Британичууд МНН-ын эсрэг дэслэгч генерал Сэр Жералд Темплерийн зохион бүтээсэн орчин үеийн босогчдын эсрэг тактикийг ашигласан.Мөргөлдөөн нь Батанг Калигийн аллага зэрэг харгис хэрцгий үйлдлүүдийн хувь хэмжээг авч байсан бол МНН-ыг дэмжлэгийн баазаас нь тусгаарлах Их Британийн стратеги, эдийн засаг, улс төрийн буултууд нь босогчдыг аажмаар сулруулсан.1950-иад оны дунд үе гэхэд урсгал нь МНН-ын эсрэг эргэж, 1957 оны 8-р сарын 31-нд Хамтын нөхөрлөлийн хүрээнд Холбооны тусгаар тогтнолын эхлэл тавигдаж, Тунку Абдул Рахман анхны ерөнхий сайдаар томилогдов.