1511 онд Малакка португалчуудын мэдэлд орж, Султан Махмуд Шах Малаккагаас зугтахаас өөр аргагүй болжээ.Султан нийслэлийг эргүүлэн авах гэж хэд хэдэн оролдлого хийсэн боловч түүний хүчин чармайлт үр дүнд хүрсэнгүй.Португаличууд хариу арга хэмжээ авч султаныг Паханг руу дүрвэхэд хүргэв.Дараа нь султан Бинтан руу усан онгоцоор явж, тэнд шинэ нийслэл байгуулжээ.Суурь байгуулснаар султан эмх замбараагүй болсон Малайзын цэргүүдийг цуглуулж, Португалийн байрлалын эсрэг хэд хэдэн халдлага, бүслэлт зохион байгуулав.Жохорын Сунгай Телурын Пекан Туа хотод байрладаг Жохор Султанатыг 1528 онд Султан Алауддин Риаят Шах II (1528–1564) гэгддэг Ража Али Ибни Султан Махмуд Мелака байгуулсан. ^[53] Хэдийгээр Султан Алауддин Риаят Шах ба түүний залгамжлагч Малакка дахь португалчууд, Суматра дахь Ачехчуудын довтолгоотой тэмцэлдэж, Жохор султанатыг барьж чадсан.Малакка руу байнга довтлох нь Португалийн хүнд хэцүү байдалд хүргэж, цөллөгт султаны хүчийг устгахад португалчуудыг итгүүлэхэд тусалсан.Малайчуудыг дарах гэж хэд хэдэн оролдлого хийсэн боловч 1526 он хүртэл Португаличууд Бинтаныг сүйрүүлжээ.Дараа нь султан Суматра дахь Кампар руу ухарч, хоёр жилийн дараа нас баржээ.Тэрээр Музаффар Шах, Алауддин Риаят Шах хоёр хэмээх хоёр хүүгээ үлдээжээ.^[53] Музаффар Шах Перакийг үргэлжлүүлэн байгуулж, Алауддин Риаят Шах Жохорын анхны султан болжээ.^[53]