Мохаммад Хатами 1997-2005 онд ерөнхийлөгчөөр хоёр удаа ажилласан найман жилийг заримдаа Ираны шинэчлэлийн эрин үе гэж нэрлэдэг.^[122] Мохаммад Хатами 1997 оны 5-р сарын 23-ны өдрөөс эхлэн ерөнхийлөгчийн албан тушаал хаших нь Ираны улс төрийн байдалд томоохон өөрчлөлтийг авчирч, шинэчлэл, шинэчлэлийг онцолсон юм.Сонгуульд 80 орчим хувийн ирцтэй байхад 70 хувийн саналаар ялалт байгуулсан Хатамигийн ялалт нь уламжлалт зүүний үзэлтнүүд, эдийн засгийн нээлттэй байдлыг дэмжигч бизнесийн удирдагчид, залуу сонгогчид зэрэг өргөн хүрээний дэмжлэгтэйгээрээ онцлог байв.^[123]Хатами сонгогдсон нь ялангуяа Иран- Иракийн дайн болон мөргөлдөөний дараах сэргээн босголтын дараа Ираны нийгэмд өөрчлөлт хийхийг хүсч байгааг илтгэв.Түүний ерөнхийлөгчийн албан тушаал нь ихэвчлэн "Хордадын 2-р хөдөлгөөн"-тэй холбоотой байсан бөгөөд хууль дээдлэх, ардчилал, улс төрийн оролцоог хангахад гол анхаарлаа хандуулсан.Эхэндээ шинэ эрин үед ихээхэн либералчлал хийгдсэн.Иранд хэвлэгддэг өдөр тутмын сонины тоо таваас хорин зургаа болж нэмэгдэв.Сэтгүүл, ном хэвлэх нь бас өссөн.Ираны кино урлаг Хатамигийн дэглэмийн үед эрчимтэй хөгжиж, Ираны кино Канн, Венецид шагнал хүртжээ.^[124] Гэсэн хэдий ч түүний шинэчлэлийн хөтөлбөр нь Ираны консерватив элементүүд, ялангуяа Хамгаалалтын зөвлөл зэрэг хүчирхэг албан тушаалтай хүмүүстэй байнга зөрчилддөг байв.Эдгээр мөргөлдөөн нь ихэвчлэн Хатами улс төрийн тулалдаанд ялагдаж, түүнийг дэмжигчдийн урмыг хугалахад хүргэсэн.1999 онд хэвлэлд шинэ хашлага тавьжээ.Шүүхээс 60 гаруй сонинд хориг тавьсан.^[124] Ерөнхийлөгч Хатамигийн чухал холбоотнуудыг гадны ажиглагчдын үзэж буйгаар "хуурсан" ^[125] буюу үзэл суртлын үндэслэлээр баривчилж, шүүж, шоронд хорьжээ.Хатамигийн засаг захиргаа үндсэн хуулийн дагуу Дээд удирдагчид захирагдаж, төрийн гол байгууллагуудын эрх мэдлийг хязгаарлаж байв.Түүний хууль тогтоох оролдлого болох "хос хуулийн төсөл" нь сонгуулийн хуулиудыг шинэчлэх, Ерөнхийлөгчийн бүрэн эрхийг тодорхой болгох зорилготой байв.Эдгээр хуулийн төслийг парламент баталсан боловч Хамгаалах зөвлөлөөс хориг тавьсан нь Хатамигийн шинэчлэлийг хэрэгжүүлэхэд тулгарч байсан сорилтуудыг бэлгэдсэн юм.Хатамигийн ерөнхийлөгч байх хугацаандаа хэвлэлийн эрх чөлөө, иргэний нийгэм, эмэгтэйчүүдийн эрх, шашин шүтлэгт тэсвэртэй байдал, улс төрийн хөгжилд онцгой анхаарал хандуулж байсан.Тэрээр олон улсын хэмжээнд Ираны нэр хүндийг сайжруулахыг эрмэлзэж, Европын холбоотой хамтран ажиллаж, Европын хэд хэдэн оронд айлчилсан Ираны анхны ерөнхийлөгч болсон юм.Түүний эдийн засгийн бодлого нь өмнөх засгийн газруудын үйлдвэржилтийн хүчин чармайлтыг үргэлжлүүлж, хувьчлал, Ираны эдийн засгийг дэлхийн зах зээлд нэгтгэхэд анхаарлаа хандуулсан.Эдгээр хүчин чармайлтыг үл харгалзан Иран ажилгүйдэл, ядууралтай тууштай тэмцэл зэрэг томоохон сорилтуудтай тулгарсан.Гадаад бодлогын хувьд Хатами сөргөлдөөнийг эвлэрүүлэхийг зорьж, "Соёл иргэншил хоорондын яриа хэлэлцээ"-ийг дэмжиж, барууны орнуудтай харилцаагаа сэргээхийг оролдсон.Европын холбооны хэд хэдэн орон 1990-ээд оны сүүлээр Ирантай эдийн засгийн харилцаагаа сэргээж эхэлсэн бөгөөд худалдаа, хөрөнгө оруулалт нэмэгдсэн.Их Британи 1979 оны хувьсгалаас хойш тасарсан Ирантай дипломат харилцаагаа 1998 онд сэргээв.АНУ эдийн засгийн хоригоо сулруулсан боловч тус улсыг олон улсын терроризмд холбогдож, цөмийн зэвсгийн хүчин чадлаа хөгжүүлж байна гэж үзэн илүү хэвийн болсон харилцааг хаасаар байна.