នៅឆ្នាំ 1999 ប៉ាគីស្ថានបានឆ្លងកាត់រដ្ឋប្រហារយោធាដែលគ្មានឈាមដែលដឹកនាំដោយឧត្តមសេនីយ៍ Pervez Musharraf និងបុគ្គលិកយោធានៅទីស្នាក់ការបុគ្គលិករួម។នៅថ្ងៃទី 12 ខែតុលា ពួកគេដណ្តើមបានការគ្រប់គ្រងពីរដ្ឋាភិបាលស៊ីវិលរបស់នាយករដ្ឋមន្ត្រី Nawaz Sharif ។ពីរថ្ងៃក្រោយមក លោក Musharraf ក្នុងនាមជានាយកប្រតិបត្តិ បានព្យួររដ្ឋធម្មនុញ្ញប៉ាគីស្ថានយ៉ាងចម្រូងចម្រាស។រដ្ឋប្រហារ​ត្រូវ​បាន​ជំរុញ​ដោយ​ការ​បង្កើន​ភាព​តានតឹង​រវាង​រដ្ឋបាល​របស់​លោក Sharif និង​យោធា ជាពិសេស​ជាមួយ​ឧត្តមសេនីយ៍ Musharraf។ការប៉ុនប៉ងរបស់លោក Sharif ដើម្បីជំនួសលោក Musharraf ជាមួយនឹងឧត្តមសេនីយ៍ឯក Ziauddin Butt ជាមេទ័ពត្រូវបានជួបជាមួយនឹងការតស៊ូពីមន្ត្រីយោធាជាន់ខ្ពស់ និងនាំទៅដល់ការឃុំខ្លួនលោក Butt ។ការ​ប្រហារ​ជីវិត​រដ្ឋ​ប្រហារ​បាន​លឿន។ក្នុងរយៈពេល 17 ម៉ោង មេបញ្ជាការយោធាបានរឹបអូសយកស្ថាប័នរដ្ឋាភិបាលសំខាន់ៗ ដោយដាក់លោក Sharif និងរដ្ឋបាលរបស់គាត់ រួមទាំងបងប្រុសរបស់គាត់ឱ្យស្ថិតនៅក្រោមការឃុំខ្លួនក្នុងផ្ទះ។យោធាក៏បានគ្រប់គ្រងហេដ្ឋារចនាសម្ព័ន្ធទំនាក់ទំនងសំខាន់ៗផងដែរ។តុលាការកំពូលរបស់ប្រទេសប៉ាគីស្ថាន ដឹកនាំដោយប្រធានចៅក្រម Irshad Hassan Khan បានផ្តល់សុពលភាពច្បាប់អាជ្ញាសឹកក្រោម "គោលលទ្ធិនៃភាពចាំបាច់" ប៉ុន្តែបានកំណត់រយៈពេលរបស់វាត្រឹម 3 ឆ្នាំ។Sharif ត្រូវបានកាត់ទោសពីបទបង្កគ្រោះថ្នាក់ដល់អាយុជីវិតនៅលើយន្តហោះដែលដឹក Musharraf ដែលជាការសម្រេចចិត្តដែលបង្កឱ្យមានភាពចម្រូងចម្រាស។នៅខែធ្នូឆ្នាំ 2000 Musharraf បានលើកលែងទោសដោយមិននឹកស្មានដល់លោក Sharif ដែលបន្ទាប់មកបានហោះទៅអារ៉ាប៊ីសាអូឌីត។ក្នុងឆ្នាំ 2001 លោក Musharraf បានក្លាយជាប្រធានាធិបតីបន្ទាប់ពីបានបង្ខំប្រធានាធិបតី Rafiq Tarar ឱ្យលាលែងពីតំណែង។ប្រជាមតិជាតិនៅខែមេសា ឆ្នាំ 2002 ដែលត្រូវបានរិះគន់ថាជាការក្លែងបន្លំដោយមនុស្សជាច្រើន បានពង្រីកការគ្រប់គ្រងរបស់លោក Musharraf ។ការបោះឆ្នោតសកលឆ្នាំ 2002 បានឃើញការវិលត្រឡប់ទៅរកលទ្ធិប្រជាធិបតេយ្យ ដោយ PML (Q) របស់ Musharraf បង្កើតរដ្ឋាភិបាលភាគតិច។