პირველმა ფიტნამ, დიდმა ადრეულმა ისლამურმა სამოქალაქო ომმა, გამოიწვია მნიშვნელოვანი ცვლილებები ეგვიპტის მმართველობაში.ამ პერიოდში ხალიფა ალიმ ეგვიპტის გამგებლად დანიშნა მუჰამედ იბნ აბი ბაქრი.თუმცა, ამრ იბნ ალ-ასმა, რომელიც მხარს უჭერდა უმაიაებს , დაამარცხა იბნ აბი ბაქრი 658 წელს და განაგებდა ეგვიპტეს მის სიკვდილამდე 664 წელს. უმაიადების მმართველობის დროს პროომაიადმა პარტიზანებმა, როგორიცაა მასლამა იბნ მუხალად ალ-ანსარი, განაგრძეს ეგვიპტის მართვა მეორე ფიტნამდე. .ამ კონფლიქტის დროს დამყარდა ხარიჯიტების მხარდაჭერილი ზუბაირიდების რეჟიმი, რომელიც არაპოპულარული იყო ადგილობრივ არაბებში.უმაიად ხალიფა მარვან I შეიჭრა ეგვიპტეში 684 წელს, აღადგინა ომაიადის კონტროლი და დანიშნა მისი ვაჟი, აბდ ალ-აზიზი, გუბერნატორად, რომელიც ეფექტურად მართავდა როგორც ვიცე-მეფე 20 წლის განმავლობაში.^[82]ომაიადების დროს, გუბერნატორებმა, როგორიცაა აბდ ალ-მალიქ იბნ რიფაა ალ-ფაჰმი და აიუბ იბნ შარჰაბილი, არჩეული ადგილობრივი სამხედრო ელიტისგან (ჯუნდი), განახორციელეს პოლიტიკა, რომელიც გაზრდიდა ზეწოლას კოპტებზე და წამოიწყო ისლამიზაცია.^[83] ამან გამოიწვია კოპტების რამდენიმე აჯანყება გაზრდილი გადასახადების გამო, მათ შორის ყველაზე გამორჩეული 725 წელს. არაბული გახდა ოფიციალური სახელმწიფო ენა 706 წელს, რამაც ხელი შეუწყო ეგვიპტური არაბულის ჩამოყალიბებას.ომაიანთა პერიოდი შემდგომი აჯანყებებით დასრულდა 739 და 750 წლებში.აბასიანთა პერიოდში ეგვიპტე განიცდიდა ახალ გადასახადებს და შემდგომ კოპტების აჯანყებებს.ხალიფა ალ-მუტასიმის გადაწყვეტილებამ 834 წელს ძალაუფლების ცენტრალიზება და ფინანსური კონტროლი გამოიწვია მნიშვნელოვანი ცვლილებები, მათ შორის ადგილობრივი არაბული ჯარების შეცვლა თურქი ჯარისკაცებით.მე-9 საუკუნეში მუსლიმმა მოსახლეობამ აჯობა კოპტ ქრისტიანებს , არაბიზაციისა და ისლამიზაციის პროცესები გააქტიურდა."ანარქია სამარაში" აბასიანთა გულში ხელი შეუწყო ალიდის რევოლუციური მოძრაობების აღზევებას ეგვიპტეში.^[84]ტულუნიდების პერიოდი დაიწყო 868 წელს, როდესაც აჰმად იბნ ტულუნი დაინიშნა გუბერნატორად, რაც აღნიშნავდა ცვლას ეგვიპტის პოლიტიკური დამოუკიდებლობისკენ.მიუხედავად შიდა ძალაუფლების წინააღმდეგ ბრძოლისა, იბნ ტულუნმა დაამყარა დე ფაქტო დამოუკიდებელი მმართველობა, დააგროვა მნიშვნელოვანი სიმდიდრე და გააფართოვა გავლენა ლევანტზე.თუმცა, მის მემკვიდრეებს შეექმნათ შიდა დაპირისპირება და გარე საფრთხეები, რამაც განაპირობა აბასიანებმა ეგვიპტის ხელახალი დაპყრობა 905 წელს ^[85.]პოსტ-ტუუნიდურ ეგვიპტეში განიხილებოდა კონფლიქტები და ისეთი გავლენიანი ფიგურების აღზევება, როგორიცაა თურქი სარდალი მუჰამედ იბნ ტუღჯ ალ-იხშიდი.მისმა გარდაცვალებამ 946 წელს გამოიწვია მისი ვაჟის უნუჯურის მშვიდობიანი მემკვიდრეობა და კაფურის შემდგომი მმართველობა.თუმცა, 969 წელს ფატიმიდების დაპყრობამ ეს პერიოდი დაასრულა, რაც ეგვიპტის ისტორიის ახალ ეპოქას დაედო.^[86]