Tra il 1258 e il 1291, la regione affrontò tumulti in quanto frontiera tra gli invasori mongoli , occasionalmente alleati con i crociati , e imamelucchi d'Egitto .Questo conflitto ha portato a una significativa riduzione della popolazione e a difficoltà economiche.I Mamelucchi erano per lo più di origine turca e furono acquistati da bambini e poi addestrati alla guerra.Erano guerrieri molto apprezzati, che davano ai governanti l'indipendenza dall'aristocrazia nativa.In Egitto presero il controllo del regno in seguito ad una fallita invasione da parte dei Crociati (Settima Crociata).I Mamelucchi presero il controllo dell’Egitto ed estesero il loro dominio alla Palestina.Il primo sultano mamelucco, Qutuz, sconfisse i mongoli nella battaglia di Ain Jalut, ma fu assassinato da Baibars, che gli succedette ed eliminò la maggior parte degli avamposti crociati.I Mamelucchi governarono la Palestina fino al 1516, considerandola parte della Siria.A Hebron, gli ebrei dovettero affrontare restrizioni presso la Grotta dei Patriarchi, un sito significativo per il giudaismo, una limitazione che persistette fino alla Guerra dei Sei Giorni.^[146]Al-Ashraf Khalil, un sultano mamelucco, conquistò l'ultima roccaforte crociata nel 1291. I mamelucchi, continuando le politiche ayyubidi, distrussero strategicamente le regioni costiere da Tiro a Gaza per prevenire potenziali attacchi marittimi dei crociati.Questa devastazione ha portato allo spopolamento a lungo termine e al declino economico in queste aree.^[147]La comunità ebraica in Palestina vide un ringiovanimento con l'afflusso di ebrei sefarditi in seguito alla loro espulsione dallaSpagna nel 1492 e alla persecuzione in Portogallo nel 1497. Sotto il dominio mamelucco e successivamente ottomano , questi ebrei sefarditi si stabilirono prevalentemente in aree urbane come Safed e Gerusalemme, in contrasto con il comunità ebraica Musta'arbi prevalentemente rurale.^[148]