La spedizione francese in Egitto , apparentemente per sostenere la Porta ottomana e sopprimere imamelucchi , fu guidata da Napoleone Bonaparte.La proclamazione di Bonaparte ad Alessandria enfatizzava l'uguaglianza, il merito e il rispetto per l'Islam, in contrasto con la presunta mancanza di queste qualità da parte dei mamelucchi.Promise il libero accesso a tutti gli egiziani per gli incarichi amministrativi e suggerì il rovesciamento dell'autorità papale per dimostrare l'adesione della Francia all'Islam.^[102]Tuttavia, gli egiziani erano scettici riguardo alle intenzioni francesi.Dopo la vittoria francese nella battaglia di Embabeh (battaglia delle piramidi), dove le forze di Murad Bey e Ibrahim Bey furono sconfitte, al Cairo fu formato un consiglio municipale che comprendeva sceicchi, mamelucchi e membri francesi, servendo principalmente a far rispettare i decreti francesi.^[102]L'invincibilità francese fu messa in dubbio dopo la sconfitta della loro flotta nella battaglia del Nilo e il fallimento nell'Alto Egitto.Le tensioni aumentarono con l'introduzione di una tassa sulla casa, che portò ad un'insurrezione al Cairo nell'ottobre 1798. Il generale francese Dupuy fu ucciso, ma Bonaparte e il generale Kléber repressero rapidamente la rivolta.L'uso francese della moschea di Al-Azhar come stalla ha causato profonda offesa.^[102]La spedizione siriana di Bonaparte nel 1799 indebolì temporaneamente il controllo francese in Egitto.Al suo ritorno, sconfisse un attacco congiunto di Murad Bey e Ibrahim Bey, e in seguito schiacciò un esercito turco ad Aboukir.Bonaparte lasciò quindi l'Egitto, nominando Kléber come suo successore.^[102] Kléber si trovò di fronte ad una situazione precaria.Dopo che gli accordi iniziali per l'evacuazione francese furono bloccati dagli inglesi, il Cairo subì rivolte, che Kléber represse.Negoziò con Murad Bey, concedendogli il controllo dell'Alto Egitto, ma Kléber fu assassinato nel giugno 1800. ^[102]Il generale Jacques-Francois Menou succedette a Kléber, tentando di ottenere il favore dei musulmani ma alienando gli egiziani dichiarando un protettorato francese.Nel 1801, le forze inglesi e turche sbarcarono ad Abu Qir, provocando la sconfitta francese.Il generale Belliard si arrese al Cairo a maggio e Menou capitolò ad Alessandria in agosto, ponendo fine all'occupazione francese.^[102] L'eredità duratura dell'occupazione francese fu la "Description de l'Egypte", uno studio dettagliato dell'Egitto condotto da studiosi francesi, che contribuì in modo significativo al campo dell'egittologia.^[102]