1489-ben a keresztény erők fájdalmasan hosszú ostromba kezdték Baza ostromát, amely al-Zagal legfontosabb erődje maradt.Baza nagyon védhető volt, mert megkövetelte a keresztényektől, hogy kettészakadjanak seregeik, és a tüzérségnek nem sok haszna volt ellene.A hadsereg ellátása hatalmas költségvetési hiányt okozott a kasztíliaiak számára.Alkalmanként a hivatal megfosztásával való fenyegetésre volt szükség ahhoz, hogy a hadsereg a terepen maradjon, és Isabella személyesen érkezett az ostromhoz, hogy segítsen fenntartani a nemesek és a katonák morálját.Hat hónap elteltével al-Zagal megadta magát, annak ellenére, hogy helyőrsége még mindig jórészt sértetlen volt;meg volt győződve arról, hogy a keresztények komolyan gondolják az ostrom fenntartását, ameddig csak kell, és a további ellenállás haszontalan a megkönnyebbülés reménye nélkül, aminek semmi jele nem volt.Baza nagylelkű átadási feltételeket kapott, ellentétben Málagával.