1241 nyarán és őszén a mongol csapatok nagy része a Magyar Alföldön pihent.1242 március végén megkezdték a visszavonulást.A kivonulás leggyakoribb oka Ögedei nagy kán 1241. december 11-i halála, amely állítólag arra kényszerítette a mongolokat, hogy visszavonuljanak Mongóliába, hogy a vérbeli fejedelmek jelen legyenek az új nagy kán megválasztásán.A mongolok kivonulásának valódi okai nem teljesen ismertek, de számos elfogadható magyarázat létezik.Indokaiktól függetlenül a mongolok 1242 közepére teljesen kivonultak Közép-Európából, bár ekkor még hadműveleteket indítottak nyugaton, leginkább az 1241–1243-as mongol inváziót Anatóliában.A mongol invázió hatásai óriásiak voltak a Magyar Királyságban.A legsúlyosabb károk az alföldi régiókban keletkeztek, ahol a települések 50-80%-a pusztult el.A mongolok által elkövetett mészárlások, a táplálékkeresésük okozta éhínségek és a menekülő kunok egyidejű vidéki pusztítása Magyarország lakosságának 15-25%-os, összesen mintegy 300-500 ezer fős veszteségét eredményezte.Az egyetlen hely, ahol a mongol támadások szembesültek, körülbelül nyolcvan megerősített hely volt, beleértve a királyság néhány kővárát is.Ezek közé tartozott Esztergom, Székesfehérvár és a Pannonhalmi Főapátság.Ezek a helyek azonban viszonylag kevés volt;egy német krónikás 1241-ben megállapította, hogy Magyarországnak "szinte nem volt erős falakkal vagy erődítményekkel védett városa", így a betelepült területek nagy része rendkívül sérülékeny volt.