Pervez Musarraf elnöksége 1999 és 2007 között volt az első alkalom, hogy a liberális erők jelentős hatalommal bírtak Pakisztánban.A gazdasági liberalizációt, a privatizációt és a média szabadságát célzó kezdeményezéseket vezettek be, a Citibank ügyvezetője, Shaukat Aziz vette át a gazdaság irányítását.Musarraf kormánya amnesztiát adott a liberális pártok politikai munkásainak, félretéve a konzervatívokat és a baloldaliakat.Musarraf jelentősen kibővítette a magánmédiát, hogy szembeszálljon India kulturális befolyásával.A Legfelsőbb Bíróság 2002 októberére elrendelte az általános választásokat, Musarraf pedig 2001-ben támogatta az Egyesült Államok afganisztáni invázióját. A Kasmírral kapcsolatban Indiával fennálló feszültség 2002-ben katonai patthelyzethez vezetett.Musarraf 2002-es, ellentmondásosnak ítélt népszavazása meghosszabbította elnöki mandátumát.A 2002-es általános választásokon a liberálisok és a centristák többséget szereztek, és Musarraf támogatásával alakítottak kormányt.A pakisztáni alkotmány 17. módosítása visszamenőleges hatállyal legitimálta Musarraf tetteit, és meghosszabbította elnöki mandátumát.Shaukat Aziz 2004-ben lett a miniszterelnök, aki a gazdasági növekedésre összpontosított, de a társadalmi reformokat ellenzi.Musarraf és Aziz több, az al-Kaidához köthető merényletet is túléltek.Nemzetközi szinten az atomfegyverek elterjedésével kapcsolatos vádak rontották a hitelességüket.A hazai kihívások közé tartoztak a törzsi területeken kialakult konfliktusok és a tálibokkal 2006-ban megkötött fegyverszünet, bár a felekezeti erőszak továbbra is fennállt.