1999-ben Pakisztán vértelen katonai puccsot élt át Pervez Musarraf tábornok és a vezérkar főhadiszállásának katonai állománya vezetésével.Október 12-én átvették az irányítást Navaz Sharif miniszterelnök polgári kormányától.Két nappal később Musarraf vezérigazgatóként vitatottan felfüggesztette Pakisztán alkotmányát.A puccs hátterében a Sarif kormányzata és a hadsereg, különösen Musarraf tábornok közötti feszültség fokozódása állt.Sharif kísérlete arra, hogy Musarrafot Ziauddin Butt altábornaggyal helyettesítse a hadsereg főnökeként, magas rangú katonai tisztviselők ellenállásába ütközött, és Butt letartóztatásához vezetett.A puccs végrehajtása gyors volt.A katonai parancsnokok 17 órán belül lefoglalták a kulcsfontosságú kormányzati intézményeket, és házi őrizetbe helyezték Sharifot és kormányát, köztük testvérét.A katonaság átvette az irányítást a kritikus kommunikációs infrastruktúra felett is.A pakisztáni legfelsőbb bíróság, Irshad Hassan Khan főbíró vezetésével, a „szükségszerűség doktrínája” alapján érvényesítette a hadiállapotot, de időtartamát három évre korlátozta.Sharifot bíróság elé állították, és elítélték, mert egy Musarrafot szállító repülőgép fedélzetén életét veszélyeztette, és ez a döntés vitákat váltott ki.2000 decemberében Musarraf váratlanul megkegyelmezett Sharifnak, aki ezután Szaúd-Arábiába repült.2001-ben Musarraf lett az elnök, miután lemondásra kényszerítette Rafiq Tarar elnököt.A 2002 áprilisában tartott országos népszavazás, amelyet sokan csalásnak minősítettek, meghosszabbította Musarraf uralmát.A 2002-es általános választások során visszatért a demokrácia, és Musarraf PML(Q) kisebbségi kormányt alakított.