Az új szultán új fővárost alapított a Johor folyó mellett, és onnan folytatta a portugálok zaklatását északon.Folyamatosan együtt dolgozott Perakban élő bátyjával és Pahang szultánjával Malacca visszafoglalásán, amelyet ekkorra az A Famosa erőd védett.Szumátra északi részén ugyanebben az időszakban az Aceh Szultánság kezdett jelentős befolyást szerezni a Malacca-szoros felett.Malacca keresztény kézre kerülésével a muszlim kereskedők gyakran kihagyták Malacca városát Aceh vagy Johor fővárosa, Johor Lama (Kota Batu) javára.Ezért Malacca és Aceh közvetlen versenytársakká váltak.Mivel a portugálok és a Johor gyakran reteszelték a kürtöket, Aceh több támadást indított mindkét oldal ellen, hogy megerősítse a szorítást a szoroson.Aceh felemelkedése és terjeszkedése arra ösztönözte a portugálokat és Johort, hogy fegyverszünetet írjanak alá, és figyelmüket Acehre tereljék.A fegyverszünet azonban rövid életű volt, és mivel Aceh erősen meggyengült, Johor és a portugálok ismét a látókörükbe kerültek.Iskandar Muda szultán uralkodása alatt Aceh megtámadta Johort 1613-ban, majd 1615-ben is ^{[. 54]}