A megszállás alatt etnikai feszültségek nőttek, és erősödött a nacionalizmus.^[82] Nagy-Britannia csődbe ment, és az új munkáspárti kormány nagyon szerette volna kivonni erőit keletről.A legtöbb maláj azonban inkább azzal foglalkozott, hogy megvédje magát az MCP-vel szemben, mintsem a britektől való függetlenséget követelje.1944-ben a britek kidolgozták a Maláj Unió terveit, amely a Szövetséges és Föderációval nem rendelkező Maláj Államokat, valamint Penangot és Malaccát (de nem Szingapúrt ) egyetlen koronagyarmattá alakítaná a függetlenség felé.Ez a végső függetlenség felé irányuló lépés jelentős ellenállásba ütközött a malájok részéről, elsősorban a kínai etnikai és más kisebbségek számára javasolt egyenlő állampolgárság miatt.A britek ezeket a csoportokat lojálisabbnak tartották a háború alatt, mint a malájok.Ez az ellenállás a Maláj Unió 1948-ban történő felbomlásához vezetett, átadva helyét a Maláj Szövetségnek, amely brit védelme alatt tartotta fenn a maláj állam uralkodóinak autonómiáját.Ezekkel a politikai változásokkal párhuzamosan lendületet kapott az elsősorban a kínaiak által támogatott Maláj Kommunista Párt (MCP).Az MCP, amely eredetileg legális párt volt, a gerillahadviselés irányába mozdult el azzal a törekvéssel, hogy kiutasítsa a briteket Malayából.1948 júliusában a brit kormány szükségállapotot hirdetett, ami arra késztette az MCP-t, hogy visszavonuljon a dzsungelbe, és megalakítsa a Maláj Népek Felszabadító Hadseregét.Ennek a konfliktusnak a kiváltó okai a kínai etnikumokat marginalizáló alkotmányos változásoktól a parasztok ültetvényfejlesztés miatti kitelepítéséig terjedtek.Az MCP azonban minimális támogatást kapott a globális kommunista hatalmaktól.Az 1948-tól 1960-ig tartó maláj vészhelyzetben a britek Sir Gerald Templer altábornagy által kidolgozott modern felkelés elleni taktikát alkalmaztak az MCP ellen.Míg a konfliktusban megvoltak az atrocitások, például a Batang Kali-mészárlás, a brit stratégia, amely az MCP-t támogatói bázisától elszigetelte, gazdasági és politikai engedményekkel párosult, fokozatosan meggyengítette a felkelőket.Az 1950-es évek közepére a dagály az MCP ellen fordult, és 1957. augusztus 31-én megteremtette a terepet a Föderáció függetlenségéhez a Nemzetközösségen belül, Tunku Abdul Rahman hivatalba lépő miniszterelnökével.