1511-ben Malacca a portugálok kezére került, Mahmud Shah szultán pedig kénytelen volt elmenekülni Malakkából.A szultán többször is megpróbálta visszafoglalni a fővárost, de erőfeszítései eredménytelenek voltak.A portugálok megtorolták és kényszerítették a szultánt, hogy Pahangba meneküljön.Később a szultán Bintánba hajózott, és ott új fővárost alapított.A bázis felállításával a szultán összegyűjtötte a szétesett maláj erőket, és számos támadást és blokádot szervezett a portugál pozíciók ellen.A Pekan Tua (Sungai Telur, Johor) székhelyű Johor Szultánságot Raja Ali Ibni Mahmud Melaka szultán, II. Alauddin Riayat Shah szultán (1528–1564) alapította 1528-ban. ^[53] Bár Alauddin Riayat Shah szultán és utóda. meg kellett küzdeniük a portugálok támadásaival Malaccában és az acehnéiek támadásaival Szumátrán, sikerült megőrizniük uralmukat a Johor Szultánságon.A Malacca elleni gyakori rajtaütések súlyos nehézségeket okoztak a portugáloknak, és segítettek meggyőzni a portugálokat, hogy semmisítsék meg a száműzött szultán erőit.Számos kísérletet tettek a malájok elnyomására, de a portugálok végül csak 1526-ban tették egyenlővé Bintant a földdel.A szultán ezután a szumátrai Kamparba vonult vissza, és két évvel később meghalt.Két fiát hagyta hátra, Muzaffar Shah és Alauddin Riayat Shah II.^[53] Muzaffar Shah folytatta Perak megalapítását, míg Alauddin Riayat Shah Johor első szultánja lett.^[53]