A holland Malacca (1641–1825) volt a leghosszabb időszak, amikor Malacca külföldi ellenőrzés alatt állt.A hollandok csaknem 183 évig uralkodtak időszakos brit megszállással a napóleoni háborúk idején (1795–1815).Ebben a korszakban viszonylagos béke uralkodott, a maláj szultánság nem okozott komoly megszakítást a hollandok és a Johori Szultánság között 1606-ban létrejött egyetértésnek köszönhetően. Ez az idő Malacca jelentőségének hanyatlását is jelentette.A hollandok Bataviát (a mai Jakartát) részesítették előnyben a régió gazdasági és adminisztratív központjaként, és Malacca uralmuk az volt, hogy megakadályozzák a város elvesztését más európai hatalmakkal szemben, és ezt követően az ezzel járó versenyt.Így a 17. században, amikor Malacca megszűnt fontos kikötő lenni, a Johor Szultánság a térség meghatározó helyi hatalmává vált kikötőinek megnyitása és a hollandokkal kötött szövetség következtében.