A Malaccan dinasztia utolsó szultánja, II. Mahmud Shah szultán volt ismert szabálytalan viselkedéséről, amely Bendehara Habib halála és Bendahara Abdul Jalil kinevezése után nagyrészt ellenőrizetlen maradt.Ez a magatartás abban csúcsosodott ki, hogy a szultán kisebb szabálysértés miatt elrendelte egy nemes várandós feleségének kivégzését.Megtorlásul a szultánt megölte a sértett nemes, így 1699-ben üresen hagyta a trónt. Az Orang Kayas, a szultán tanácsadói Sa Akar DiRaja-hoz, a muari Raja Temenggonghoz fordultak, aki azt javasolta, hogy Bendahara Abdul Jalil örökölje a trónt.Az utódlást azonban némi elégedetlenség fogadta, különösen az Orang Laut részéről.Az instabilitás ezen időszakában Johor két domináns csoportja – a Bugik és a Minangkabau – lehetőséget látott a hatalom gyakorlására.A Minangkabau bemutatta Raja Kecilt, egy herceget, aki azt vallotta, hogy II. Mahmud szultán posztumusz fia.A gazdagság és a hatalom ígéretével a bugik kezdetben Raja Kecilt támogatták.Raja Kecil azonban elárulta őket, és beleegyezésük nélkül Johor szultánjává koronáztatta magát, aminek következtében az előző IV. Abdul Dzsalil szultán elmenekült, és végül meggyilkolták.Megtorlásul a bugik összefogtak Raja Sulaimannal, IV. Abdul Jalil szultán fiával, ami 1722-ben Raja Kecil trónfosztásához vezetett. Miközben Raja Sulaiman szultánként felemelkedett, a bugik nagy befolyása alá került, akik gyakorlatilag Johort irányították.Szulejmán Badrul Alam Shah szultán uralma alatt a 18. század közepén a bugik jelentős ellenőrzést gyakoroltak Johor adminisztrációja felett.Befolyásuk annyira megnőtt, hogy 1760-ra különböző bugi családok összeházasodtak a Johor királyi leszármazottakkal, tovább megszilárdítva dominanciájukat.Vezetésük alatt Johor gazdasági növekedést tapasztalt, amelyet a kínai kereskedők integrációja is megerősített.A 18. század végére azonban a Temenggong frakció tagja, Engkau Muda elkezdte visszaszerezni a hatalmat, lefektetve a szultánság jövőbeli jólétének alapjait Temenggong Abdul Rahman és leszármazottai irányítása alatt.