Nikephoros 1078-ban összeütközésbe került Mihály császárral, amikor könyörgött a császárnak, hogy foglalkozzon a bizánci anatóliai helyzet romlásával, megsértve Mihályt őszinteségével.Nikephorosz, hogy megvédje magát, bennszülött csapatokból és török ​​zsoldosokból álló hadsereget gyűjtött össze, és 1077 júliusában vagy októberében császárnak nyilvánította magát. Nikephorosz katonai érzékének és családi hírnevének köszönhetően erős támogatóbázist gyűjtött össze, majd a bizánci szenátus 7-én elismerte. 1078 januárjában, majd Konstantinápoly polgárainak segítségével elfoglalta a trónt.Császárként Nikephorost számos lázadás érte, köztük Nikephoros Bryennios, Nikephoros Basilakes és Constantine Doukas, valamint a Varangi Gárda által elkövetett merényletkísérlet is.Nikephoros magáévá tette a császár csapdáit, számos cselekedetet végrehajtva legitimitásának és támogatottságának növelése érdekében, például nagy összegeket költött adományokra a hadseregnek és támogatóinak, elengedett minden hátralékos adósságot, és kisebb jogi reformokat vezetett be.Diplomáciailag Nikephoros biztosította Theodore Gabras és Philaretos Brachamios, Trebizond és Antiochia kormányzóinak behódolását, akik a szeldzsukok bizánci Anatóliába való folyamatos behatolása miatt de facto függetlenné váltak a Bizánci Birodalomtól.