Robert Guiscard pugliai normann herceg 1081-ben arra készült, hogy megtámadja a Bizánci Birodalmat, azzal az ürüggyel, hogy megvédje Konstantin Doukas örökösödését, akit Robert lányával, Helenával jegyeztek el;ugyanakkor a szeldzsukok elfoglalták Cyzicus városát.Alexiost jelentős hadsereggel bízták meg, hogy legyőzze a normann fenyegetést, de rokonával, John Doukas-szal összeesküdt, hogy ehelyett saját magának foglalja el a trónt.Alexiosz lázadást szított Nikephoros ellen, és gyorsan körül tudta venni Konstantinápolyt, és ostrom alá tudta állítani a védekező hadsereg hiánya miatt.Nikeophoros nem tudta biztosítani sem a szeldzsuk törökök, sem a Nikephoros Melissenos, hagyományos riválisának támogatását, ezért kénytelen volt a trónról való lemondásra készülni.Nikephoros úgy döntött, hogy az egyetlen választása, hogy lemond a trónról, Melissenos javára, aki a közelben tartózkodott az anatóliai Damalisban, és követeket küldött hozzá a Boszporuszon át;ezeket a hírnököket azonban elfogta George Palaiologos, Alexios tábornoka, aki rávette őket, hogy támogassák Alexiost.Alexios és csapatai 1081. április 1-jén áttörték Konstantinápoly falait, és kifosztották a várost;Cosmas pátriárka meggyőzte Nikephorost, hogy mondjon le Alekszioszról, ahelyett, hogy meghosszabbítaná a polgárháborút.Nikephoros ezután a Hagia Sophiába menekült, és ott keresett menedéket.Mihály, Alexiosz logotéja ezután elkísérte Nikephoroszt a Peribleptus kolostorba, ahol lemondott trónról és szerzetes lett.Még abban az évben meghalt.