בשנת 1965, בהתמודדות עם מתחים מתגברים וכדי למנוע סכסוך נוסף, הציע ראש ממשלת מלזיה, טונקו עבדול רחמן, לגרש את סינגפור ממלזיה .המלצה זו אושרה לאחר מכן על ידי הפרלמנט המלזי ב-9 באוגוסט 1965, בהצבעה פה אחד בעד הפרדת סינגפור.באותו יום הכריז לי קואן יו, ראש ממשלת סינגפור, נרגשת על עצמאותה החדשה של העיר-מדינה.בניגוד לדעה הרווחת שסינגפור גורשה באופן חד-צדדי, מסמכים אחרונים חושפים כי דיונים בין מפלגת הפעולה העממית (PAP) של סינגפור והברית של מלזיה נמשכים מאז יולי 1964. לי קואן יו וגו קנג סווי, מנהיג בכיר ב-PAP, נערכו את ההפרדה באופן שהציג אותה כהחלטה בלתי חוזרת לציבור, שמטרתה להועיל הן פוליטית והן כלכלית.^[16]בעקבות ההפרדה, סינגפור עברה תיקונים חוקתיים שהעבירו את עיר המדינה לרפובליקה של סינגפור.יוסוף אישק, בעבר הנציג של יאנג די-פרטואן נגרה או סגן-המלכות, נחנך כנשיא סינגפור הראשון.בעוד שהדולר המלאיה והבורנאו הבריטי המשיכו כמטבע החוקי לתקופה קצרה, דיונים על מטבע משותף בין סינגפור ומלזיה נערכו לפני כניסתו הסופית של הדולר הסינגפורי בשנת 1967. ^[17] במלזיה התקיימו בעבר מושבי הפרלמנט. על ידי סינגפור הוקצו מחדש למלאיה, מה ששינה את מאזן הכוחות וההשפעה של מדינות סבאח וסארוואק.ההחלטה להפריד את סינגפור ממלזיה התקבלה בתגובות חריפות, במיוחד מצד מנהיגים בסבאח ובסארוואק.מנהיגים אלה הביעו רגשות של בגידה ותסכול על כך שלא התייעצו במהלך תהליך ההפרדה. שר ראש סבאח, פואד סטפנס, הביע צער עמוק במכתב ללי קואן יו, בעוד שמנהיגים כמו אונג קי הואי ממפלגת העם המאוחדת של סארוואק חקרו. עצם הרציונל לקיומה של מלזיה לאחר ההפרדה.למרות חששות אלה, סגן ראש ממשלת מלזיה, עבדול רזאק חוסיין, הגן על ההחלטה, וייחס את הסודיות והדחיפות של המהלך לעימות המתמשך בין אינדונזיה-מלזיה.^[18]