בשנת 1951 נרצח ראש ממשלת פקיסטן ליאקוואט עלי חאן במהלך עצרת פוליטית, מה שהוביל לכך שחוואג'ה נזימודין הפך לראש הממשלה השני.המתיחות במזרח פקיסטן הסלימה ב-1952, והגיעה לשיאה בירי המשטרה על תלמידים שדרשו מעמד שווה לשפה הבנגלית.מצב זה נפתר כאשר נזימודין הוציא ויתור על הכרה בבנגלית לצד אורדו, החלטה שנקבעה מאוחר יותר בחוקת 1956.בשנת 1953, מהומות אנטי-אחמדיות, שהוסתו על ידי מפלגות דתיות, הביאו למקרי מוות רבים.^[10] תגובת הממשלה להתפרעויות אלו סימנה את המקרה הראשון של חוק צבאי בפקיסטן, שהחלה מגמה של מעורבות צבאית בפוליטיקה.^[11] באותה שנה הוצגה תוכנית יחידה אחת, שארגנה מחדש את החטיבות המנהליות של פקיסטן.^[12] בחירות 1954 שיקפו הבדלים אידיאולוגיים בין מזרח ומערב פקיסטן, עם השפעה קומוניסטית במזרח ועמדה פרו-אמריקאית במערב.ב-1956 הוכרזה פקיסטן כרפובליקה אסלאמית, כאשר חוסיין סוהרווארדי הפך לראש הממשלה ואיסקנדר מירזה לנשיא הראשון.כהונתו של סוהרווארדי התאפיינה במאמצים לאזן את יחסי החוץ עם ברית המועצות , ארצות הברית וסין , וייזום תוכנית צבאית וגרעין.^[13] יוזמותיו של סוהרווארדי הביאו להקמת תוכנית אימונים לכוחות המזוינים הפקיסטניים על ידי ארצות הברית, שעמדה בפני התנגדות ניכרת במזרח פקיסטן.בתגובה, מפלגתו הפוליטית בפרלמנט המזרח פקיסטן איימה להתנתק מפקיסטן.הנשיאות של מירזה ראתה צעדי דיכוי נגד קומוניסטים וליגת אוואמי במזרח פקיסטן, והחריפו את המתיחות האזורית.ריכוזיות הכלכלה וההבדלים הפוליטיים הביאו לחיכוכים בין מנהיגי מזרח ומערב פקיסטן.יישום תוכנית יחידה אחת וריכוז הכלכלה הלאומית לפי המודל הסובייטי נתקלו בהתנגדות והתנגדות משמעותית במערב פקיסטן.בתוך חוסר הפופולריות הגוברת והלחץ הפוליטי, הנשיא מירזה התמודד עם אתגרים, כולל תמיכה ציבורית בליגה המוסלמית במערב פקיסטן, שהובילה לאקלים פוליטי הפכפך עד 1958.