בתקופה של שיתוף פעולה הולך וגובר בין בעלות הברית המערביות לברית המועצות בעקבות הפלישה הנאצית ב-1941, השפעתה של הממשלה הפולנית הגולה פחתה מאוד בעקבות מותו של ראש הממשלה ולדיסלב סיקורסקי, מנהיגה המסוגל ביותר. , בהתרסקות מטוס ב-4 ביולי 1943. בערך באותה תקופה הוקמו בברית המועצות ארגונים אזרחיים וצבאיים פולניים-קומוניסטיים המתנגדים לממשלה, בראשות וונדה וסילבסקה ובתמיכת סטלין.ביולי 1944, הצבא האדום הסובייטי וצבא העם הפולני בשליטה סובייטית נכנסו לשטחה של פולין העתידית לאחר המלחמה.בלחימה ממושכת ב-1944 וב-1945, הביסו הסובייטים ובעלות בריתם הפולניות את הצבא הגרמני מפולין וגירשו אותו בעלות של למעלה מ-600,000 חיילים סובייטים שאבדו.המפעל היחיד הגדול ביותר של תנועת ההתנגדות הפולנית במלחמת העולם השנייה ואירוע פוליטי מרכזי היה מרד ורשה שהחל ב-1 באוגוסט 1944. המרד, בו השתתפה רוב אוכלוסיית העיר, הופעל על ידי צבא הבית המחתרתי ואושר על ידי ממשלת פולין הגולה בניסיון להקים ממשל פולני לא קומוניסטי לקראת הגעת הצבא האדום.המרד תוכנן במקור כהפגנה חמושה קצרת מועד מתוך ציפייה שהכוחות הסובייטיים המתקרבים לוורשה יסייעו בכל קרב לכבוש את העיר.אולם הסובייטים מעולם לא הסכימו להתערבות, והם עצרו את התקדמותם בנהר הוויסלה.הגרמנים ניצלו את ההזדמנות לבצע דיכוי אכזרי של כוחות המחתרת הפולנית הפרו-מערבית.ההתקוממות הקשות נמשכה חודשיים והביאה למותם או לגירוש מהעיר של מאות אלפי אזרחים.לאחר שהפולנים המובסים נכנעו ב-2 באוקטובר, ביצעו הגרמנים הרס מתוכנן של ורשה בהוראת היטלר שמחק את שאר התשתיות של העיר.הארמייה הראשונה של פולין, שנלחמה לצד הצבא האדום הסובייטי, נכנסה לוורשה ההרוסה ב-17 בינואר 1945.