מלאקה ההולנדית (1641–1825) הייתה התקופה הארוכה ביותר בה הייתה מלאכה בשליטה זרה.ההולנדים שלטו במשך כמעט 183 שנים עם כיבוש בריטי לסירוגין במהלך מלחמות נפוליאון (1795–1815).עידן זה ראה שלום יחסי עם מעט הפרעות רציניות מצד הסולטנות המלאיות עקב ההבנה שנרקמה בין ההולנדים לסולטנות ג'והור בשנת 1606. הפעם סימנה גם את הירידה בחשיבותה של מלאקה.ההולנדים העדיפו את בטאוויה (ג'קרטה של ​​היום) כמרכז הכלכלי והמנהלי שלהם באזור ואחיזתם במלאקה הייתה למנוע את אובדן העיר למעצמות אירופיות אחרות, ובהמשך, את התחרות שתבוא איתה.כך, במאה ה-17, כאשר מלאקה חדלה להיות נמל חשוב, הפכה סולטנות ג'והור למעצמה המקומית השלטת באזור עקב פתיחת נמליה והברית עם ההולנדים.