בשנת 538 לפנה"ס, כורש הגדול מהאימפריה האחמנית כבש את בבל, ושילב אותה באימפריה שלו.הוצאתו של כרוז, צו כורש, העניק חופש דת לאלה שתחת שלטון בבל.זה אפשר לגולים יהודים בבבל, כולל 50,000 יהודים בראשות זרובבל, לחזור ליהודה ולבנות מחדש את בית המקדש של ירושלים, שהושלם בסביבות 515 לפני הספירה.^[80] בנוסף, בשנת 456 לפנה"ס, חזרה קבוצה נוספת של 5,000, בראשות עזרא ונחמיה;על הראשון הוטל על ידי המלך הפרסי לאכוף חוקים דתיים, בעוד שהאחרון מונה למושל עם משימה לשקם את חומות העיר.^[81] יהוד, כפי שנודע האזור, נותר מחוז אחמני עד 332 לפנה"ס.הטקסט הסופי של התורה, המתאים לחמשת הספרים הראשונים של התנ"ך, נאסף במהלך התקופה הפרסית (בסביבות 450–350 לפנה"ס), באמצעות עריכה ואיחוד של טקסטים קודמים.^[82] בני ישראל השבים אימצו כתב ארמי מבבל, כיום הכתב העברי המודרני, והלוח העברי, הדומה ללוח הבבלי, הוא כנראה מתקופה זו.^[83]המקרא מספר על מתח בין השבים, האליטה של ​​תקופת בית ראשון ^[84] , לבין אלה ששהו ביהודה.^[85] החוזרים, אולי נתמכים על ידי המלוכה הפרסית, היו עשויים להפוך לבעלי קרקעות משמעותיים, לרעת אלה שהמשיכו לעבוד את האדמה ביהודה.התנגדותם לבית המקדש השני עשויה לשקף חשש מאובדן זכויות בקרקע עקב הדרה מהכת.^[84] יהודה הפכה למעשה לתיאוקרטיה, בראשות הכוהנים הגדולים התורשתיים ^[86] ומושל ממונה על-ידי פרסי, לעתים קרובות יהודי, האחראי על שמירת הסדר והבטחת תשלומי המסים.^[87] באופן משמעותי, חיל מצב צבאי של יהודה הוצב על ידי הפרסים באי אלפנטין ליד אסואןשבמצרים .