המשלחת הצרפתית למצרים , כביכול כדי לתמוך בפורטה העות'מאנית ולדכא אתהממלוכים , הובלה על ידי נפוליאון בונפרטה.ההכרזה של בונפרטה באלכסנדריה הדגישה את השוויון, הכשרון והכבוד לאסלאם, בניגוד לחוסר כביכול של הממלוכים בתכונות אלו.הוא הבטיח גישה פתוחה לכל המצרים לתפקידים מנהליים והציע להפיל את סמכות האפיפיור להפגין דבקות צרפתית באסלאם.^[102]עם זאת, המצרים היו סקפטיים לגבי כוונות צרפת.לאחר הניצחון הצרפתי בקרב אמבבה (קרב הפירמידות), בו הובסו כוחותיהם של מוראד ביי ואיברהים ביי, הוקמה בקהיר מועצה עירונית הכוללת שייקים, ממלוכים וחברים צרפתים, ששירתה בעיקר לאכיפת גזירות צרפתיות.^[102]הבלתי מנוצח הצרפתי הוטל בספק לאחר תבוסת הצי שלהם בקרב על הנילוס וכישלון במצרים העליונה.המתיחות הסלימה עם הנהגת מס בתים, מה שהוביל למרד בקהיר באוקטובר 1798. הגנרל הצרפתי דופוי נהרג, אך בונפרטה והגנרל קלבר דיכאו במהירות את המרד.השימוש הצרפתי במסגד אל-אזהר כאורווה גרם לפגיעה עמוקה.^[102]המשלחת הסורית של בונפרטה ב-1799 החלישה זמנית את השליטה הצרפתית במצרים.עם שובו, הוא הביס מתקפה משותפת של מוראד ביי ואיברהים ביי, ומאוחר יותר ריסק צבא טורקי באבוקיר.לאחר מכן עזב בונפרטה את מצרים, ומינה את קלבר ליורשו.^[102] קלבר עמד בפני מצב רעוע.לאחר שהסכמים ראשוניים לפינוי צרפתי נחסמו על ידי הבריטים, חוותה קהיר מהומות, אותן דיכא קלבר.הוא ניהל משא ומתן עם מוראד ביי, והעניק לו את השליטה במצרים העליונה, אך קלבר נרצח ביוני 1800. ^[102]הגנרל ז'אק-פרנסואה מנו ירש את קלבר, שניסה לזכות בחסד המוסלמי אך הרחיק את המצרים על ידי הכרזת חסות צרפתית.בשנת 1801 נחתו כוחות אנגלים וטורקים באבו קיר, מה שהוביל לתבוסות צרפתיות.הגנרל בליארד נכנע לקהיר במאי, ומנו נכנע באלכסנדריה באוגוסט, וסיים את הכיבוש הצרפתי.^[102] המורשת המתמשכת של הכיבוש הצרפתי הייתה "תיאור דה ל'מצרים", מחקר מפורט על מצרים על ידי חוקרים צרפתים, שתרם משמעותית לתחום האגיפטולוגיה.^[102]