בתחילת המאה ה-16, לאחר הכיבוש העות'מאני של מצרים ב-1517, מינה הסולטן סלים הראשון את יונוס פאשה למושל מצרים, אך עד מהרה הוחלף בהייר ביי עקב בעיות שחיתות.^[97] תקופה זו סימנה מאבק כוחות בין הנציגים העות'מאנים לביןהממלוכים , ששמרו על השפעה משמעותית.הממלוכים שולבו במבנה האדמיניסטרטיבי, בעלי תפקידי מפתח ב-12 הסנג'קים של מצרים.תחת הסולטאן סולימאן המפואר, הוקמו הדיוואן הגדול והדיוואן הקטן כדי לסייע לפאשה, עם נציגות מהצבא והרשויות הדתיות.סלים הקים שישה גדודים להגנת מצרים, שאליהם הוסיף סולימאן שביעי.^[98]הממשל העות'מאני החליף לעתים קרובות את המושל המצרי, לעתים קרובות מדי שנה.מושל אחד, היין אחמד פאשה, ניסה לבסס עצמאות אך סוכל והוצא להורג.^[98] בשנת 1527 נערך סקר קרקעות במצרים, שחילק קרקעות לארבעה סוגים: נחלתו של הסולטאן, אדמות אחזקה צבאית ואדמות יסוד דתי.סקר זה יושם בשנת 1605. ^[98]המאה ה-17 במצרים התאפיינה במרדים צבאיים ובעימותים, לרוב עקב ניסיונות לבלום סחיטה על ידי החיילים.בשנת 1609, סכסוך משמעותי הוביל לכניסתו המנצחת של קארה מחמד פאשה לקהיר, ואחריו רפורמות פיננסיות.^[98] במהלך תקופה זו זכו הבנים הממלוכים המקומיים לדומיננטיות בממשל המצרי, ולעתים קרובות החזיקו בתפקידים צבאיים וקראו תיגר על מושלים ממונים עות'מאניים.^[99] הצבא המצרי, בעל קשרים מקומיים חזקים, השפיע לעתים קרובות על מינוי מושלים והייתה לו שליטה משמעותית בממשל.^[100]המאה גם ראתה עלייתם של שני פלגים משפיעים במצרים: הפאקארי, המקושר לפרשים העות'מאניים, והקאסימי, הקשורים לחיילים מצריים ילידים.פלגים אלה, שסומלו בצבעיהם ובסמליהם המובהקים, השפיעו באופן משמעותי על השלטון והפוליטיקה של מצרים העות'מאנית.^[101]