היוונים של התקופה הקלאסית האמינו כי בעידן האפל שלאחר התמוטטות הציוויליזציה המיקנית, מספר ניכר של יוונים ברחו והיגרו לאסיה הקטנה והתיישבו בה.המתיישבים הללו היו משלוש קבוצות שבטיות: האיאולים, הדוריאנים והיוניים.היוונים התיישבו על חופי לידיה וקאריה, וייסדו את שתים עשרה הערים שהרכיבו את יוניה.ערי יוניה נותרו עצמאיות עד שנכבשו על ידי הלידים של מערב אסיה הקטנה.הנסיך הפרסי כורש הוביל מרד נגד המלך המדיאני האחרון אסטיאגס בשנת 553 לפני הספירה.בזמן שנלחם בלידיים, כורש שלח הודעות ליונים וביקש מהם להתקומם נגד השלטון בלידי, מה שהיוניים סירבו לעשות.לאחר שכורש סיים את כיבוש לידיה, הערים היוניות הציעו כעת להיות נתיניו באותם תנאים כפי שהיו נתיניו של קרויסוס.סיירוס סירב, כשהוא מצטט את חוסר הנכונות של האיונים לעזור לו בעבר.האיונים התכוננו אפוא להגן על עצמם, וכורש שלח את הגנרל המדיאני הרפגוס לכבוש אותם.בשנים שלאחר כיבושם, התקשו הפרסים לשלוט באיונים.הפרסים הסתפקו אפוא בחסות עריץ בכל עיר יונית, למרות שהדבר משך אותם לסכסוכים הפנימיים של האיונים.ערב מלחמות יוון-פרס, סביר להניח שהאוכלוסייה היונית התאכזבה והייתה מוכנה למרד.