עם תבוסת הצי היוני בקרב לאדה, המרד הסתיים למעשה.מילטוס היה מושקע מאוד, הפרסים "כרו את החומות והשתמשו בכל מכשיר נגדו, עד שכבשו אותו לחלוטין".לפי הרודוטוס, רוב הגברים נהרגו, והנשים והילדים שועבדו.עדויות ארכיאולוגיות מבססות זאת באופן חלקי, ומראות סימנים נרחבים של הרס, ונטישה של חלק גדול מהעיר בעקבות לאדה.עם זאת, כמה מילזיאנים אכן נשארו במילטוס (או חזרו במהירות למילטוס), אם כי העיר לעולם לא תשחזר את גדולתה הקודמת.מילטוס היה לפיכך "נשאר ריק ממילזיים";הפרסים לקחו לעצמם את העיר ואת אדמת החוף, ונתנו את שאר השטח המילזי לקאריים מפדסוס.המילזיאנים השבויים הובאו לפני דריוש בסוסה, אשר יישב אותם ב"אמפה" על חוף המפרץ הפרסי, ליד שפך החידקל.סאמים רבים נחרדו ממעשיהם של הגנרלים שלהם בלאד, והחליטו להגר לפני שהצורר הזקן שלהם, אייאס מסאמוס, ישוב לשלוט בהם.הם נענו להזמנה מאנשי זנקל להתיישב בחוף סיציליה, ולקחו איתם את המילזים שהצליחו להימלט מהפרסים.סאמוס עצמה נחסכה מהרס על ידי הפרסים בגלל העריקת הסמיאנית בלאד.רוב קאריה נכנעה כעת לפרסים, אם כי כמה מעוזים היו צריכים להיכבש בכוח.