ברור שהיוונים המדוכדכים והעייפים לא היו מתאימים לפרסים , והיו מנותקים לחלוטין בקרב שהתפתח באפסוס.רבים נהרגו, כולל הגנרל הארטרי, אואלסידס.היוונים שנמלטו מהקרב עשו לערים משלהם, בעוד שהאתונאים והארתרים הנותרים הצליחו לחזור לאניותיהם והפליגו חזרה ליוון.האתונאים סיימו כעת את בריתם עם האיונים, מכיוון שהפרסים הוכיחו שהם הכל מלבד הטרף הקל שתיאר אריסטגורס.עם זאת, היוונים נשארו מחויבים למרד שלהם ונראה שהפרסים לא עקבו אחר ניצחונם באפסוס.יש להניח שכוחות אד-הוק אלה לא היו מצוידים להטיל מצור על אף אחת מהערים.למרות התבוסה באפסוס, המרד למעשה התפשט עוד יותר.היוונים שלחו אנשים להלספונט ולפרופונטיס וכבשו את ביזנטיון ואת שאר הערים הסמוכות.הם גם שכנעו את הקריאנים להצטרף למרד.יתרה מזאת, לאור התפשטות המרד, מרדו גם ממלכות קפריסין נגד השלטון הפרסי ללא כל שכנוע חיצוני.לפיכך לקרב אפסוס לא הייתה השפעה גדולה על המרד.