Huayna Capac kuolee, mahdollisesti isorokkoon (epidemia oli riehunut Uudessa maailmassa välittömästi sen jälkeen, kun espanjalaiset ottivat sen käyttöön).Huayna Capac ei ollut katastrofaalisesti nimennyt perillistä ennen kuolemaansa.Sitä seurannut valtataistelu hänen kahden poikansa Huáscarin ja Atahualpan välillä johtaa lopulta sisällissotaan.Huascar ottaa valtaistuimen Cuscon aateliston tukemana.Samaan aikaan Atahualpa, jota pidettiin taitavampana ylläpitäjänä ja soturina, kruunataan Sapa Incaksi Quitossa.Ei tiedetä, kuinka monta inkaa tapettiin tai kuoli sisällissodan aikana.Inka-imperiumin väestömääräksi ennen epidemiaa (todennäköisesti eurooppalaisen taudin aiheuttama) ja Espanjan valloitusta arvioidaan olevan 6-14 miljoonaa ihmistä.Sisällissota, epidemia ja Espanjan valloitus johtivat väestön vähenemiseen useiden vuosikymmenten aikana, arvioiden mukaan 20:1 tai 25:1, mikä tarkoittaa, että väestö väheni 95 prosenttia.