Tupac Inca kuoli noin vuonna 1493 Chincherosissa jättäen kaksi laillista poikaa ja 90 aviotonta poikaa ja tytärtä.Häntä seurasi Huayna Capac Etelässä Huayna Capac jatkoi Inka-imperiumin laajentumista nykyiseen Chileen ja Argentiinaan ja yritti liittää alueita pohjoiseen nykyisen Ecuadorin ja Etelä-Kolumbian alueella.Sapa Incana hän rakensi myös tähtitieteellisiä observatorioita Ecuadorissa, kuten Ingapircaa.Wayna Qhapaq toivoi perustavansa pohjoisen linnoituksen Tumebamban kaupunkiin Ecuadoriin, jossa Cañari-kansa asui.Pumpun inkakaupungin rauniot.Wayna Qhapaq vietti aikaa rentoutuen läheisessä Chinchay Cocha -järvessä, joka oli yhdistetty kaupunkiin joen kautta.Ecuadorissa, joka tunnettiin aiemmin nimellä Quiton kuningaskunta, Wayna Qhapaq sulatti Quiton konfederaation Inka-imperiumiin mentyään naimisiin Quiton kuningatar Paccha Duchicela Shyris XVI:n kanssa lopettaakseen pitkän pitkittyneen sodan.Tästä avioliitosta Atawallpa syntyi (1502 jKr.) Caranquissa Ecuadorissa.Wayna Qhapaq kuoli vuonna 1524. Kun Wayna palasi Quitoon, hän oli jo saanut kuumeen kampanjoidessaan nykyisessä Kolumbiassa (vaikka jotkut historioitsijat kiistävät tämän), mikä todennäköisesti johtui eurooppalaisten sairauksien, kuten tuhkarokko tai isorokko, leviämisestä.