2000-luvun alussa Singapore kohtasi useita merkittäviä haasteita, joista merkittävin oli SARS-epidemia vuonna 2003 ja kasvava terrorismin uhka.Vuonna 2001 hälyttävä juoni, joka kohdistui suurlähetystöihin ja keskeiseen infrastruktuuriin, estettiin, mikä johti 15 Jemaah Islamiyahin jäsenen pidätykseen.Tämä tapaus vauhditti kattavien terrorismin vastaisten toimenpiteiden käyttöönottoa, joilla pyritään havaitsemaan, ehkäisemään ja lieventämään vahinkoja.Samanaikaisesti maan talous pysyi suhteellisen vakaana, ja kotitalouksien keskimääräiset kuukausitulot vuonna 2003 olivat 4 870 Singaporen dollaria.Vuonna 2004 Lee Hsien Loong, Lee Kuan Yewin vanhin poika, nousi Singaporen kolmanneksi pääministeriksi.Hänen johdollaan ehdotettiin ja toteutettiin useita muuttavia kansallisia politiikkoja.Erityisesti valtakunnallisen palvelukoulutuksen kesto lyhennettiin kahdesta ja puolesta vuodesta kahteen vuonna 2005. Hallitus käynnisti myös "Byrokratian leikkaamisen" -ohjelman, joka etsii aktiivisesti kansalaisten palautetta useista kysymyksistä oikeudellisista kehyksistä yhteiskunnallisiin huolenaiheisiin.Vuoden 2006 parlamenttivaalit merkitsivät merkittävää käännekohtaa Singaporen poliittisessa maisemassa, mikä johtui pääasiassa internetin ja bloggaamisen ennennäkemättömästä vaikutuksesta, joita hallitus ei sääntele.Strategisessa liikkeessä juuri ennen vaaleja hallitus jakoi "edistymispaketin" käteisbonuksen kaikille aikuisille kansalaisille, yhteensä 2,6 miljardia Singaporen dollaria.Huolimatta suuresta äänestysprosentista opposition mielenosoituksissa, hallitseva People's Action Party (PAP) säilytti linnoituksensa ja sai 82 paikasta 84 paikasta ja 66 % äänistä.Singaporen itsenäistymisen jälkeinen suhde Malesiaan on ollut monimutkainen, jolle on usein ominaista erimielisyydet, mutta keskinäinen riippuvuus on korostanut sitä.ASEANin jäseninä molemmat maat tunnustavat yhteiset alueelliset etunsa.Tätä keskinäistä riippuvuutta korostaa edelleen Singaporen riippuvuus Malesiasta merkittävän osan vesihuollon osalta.Vaikka molemmat maat ovat ajoittain harjoittaneet sanallista sparrausta itsenäistymisen jälkeisten erilaisten kehityskulkujensa vuoksi, ne ovat onneksi välttyneet vakavista konflikteista tai vihollisuuksista.