Vuonna 1965 Malesian pääministeri Tunku Abdul Rahman ehdotti Singaporen karkottamista Malesiasta kovenevien jännitteiden edessä ja estääkseen konfliktien lisääntymisen.Malesian parlamentti hyväksyi tämän suosituksen myöhemmin 9. elokuuta 1965 yksimielisesti Singaporen erottamisen puolesta.Samana päivänä tunteellinen Lee Kuan Yew, Singaporen pääministeri, ilmoitti kaupunkivaltion vasta löydetystä itsenäisyydestä.Vastoin yleistä käsitystä, jonka mukaan Singapore karkotettiin yksipuolisesti, viimeaikaiset asiakirjat paljastavat, että keskusteluja Singaporen kansantoimintapuolueen (PAP) ja Malesian allianssin välillä oli käyty heinäkuusta 1964 lähtien. Lee Kuan Yew ja PAP:n vanhempi johtaja Goh Keng Swee järjestivät. eroaminen tavalla, joka esitti sen peruuttamattomana päätöksenä yleisölle, jonka tavoitteena on hyötyä sekä poliittisesti että taloudellisesti.^[16]Eroamisen jälkeen Singaporessa tehtiin perustuslakimuutokset, jotka muuttivat kaupunkivaltion Singaporen tasavallaksi.Yusof Ishak, aiemmin Yang di-Pertuan Negara tai varakuningas edustaja, vihittiin Singaporen ensimmäiseksi presidentiksi.Vaikka Malajan ja Ison-Britannian Borneon dollari pysyivät laillisena valuuttana lyhyen ajan, keskusteluja Singaporen ja Malesian yhteisestä valuutasta käytiin ennen Singaporen dollarin lopullista käyttöönottoa vuonna 1967. ^[17] Malesiassa parlamenttipaikat olivat aiemmin hallussa. Singaporessa ne siirrettiin Malayalle, mikä muutti Sabahin ja Sarawakin osavaltioiden vallan ja vaikutusvallan tasapainoa.Päätös erottaa Singapore Malesiasta sai voimakkaita reaktioita erityisesti Sabahin ja Sarawakin johtajilta.Nämä johtajat ilmaisivat petoksen ja turhautumisen tunteensa, koska heitä ei kuultu eroprosessin aikana. Sabahin pääministeri Fuad Stephens ilmaisi syvän surun Lee Kuan Yewille lähettämässään kirjeessä, kun taas Sarawakin yhdistyneen kansanpuolueen Ong Kee Huin kaltaiset johtajat kyseenalaisti. Malesian olemassaolon perusteet eron jälkeen.Näistä huolenaiheista huolimatta Malesian varapääministeri Abdul Razak Hussein puolusti päätöstä ja katsoi, että muutoksen salaisuus ja kiireellisyys johtuvat meneillään olevasta Indonesian ja Malesian vastakkainasettelusta.^[18]