Vuonna 1947 Pakistan nousi uudeksi kansakunnaksi Liaquat Ali Khanin ensimmäiseksi pääministeriksi ja Muhammad Ali Jinnahin kenraalikuvernööriksi ja parlamentin puhemieheksi.Jinnah hylkäsi lordi Mountbattenin tarjouksen tulla sekä Intian että Pakistanin kenraalikuvernööriksi, ja hän johti maata kuolemaansa asti vuonna 1948. Hänen johdollaan Pakistan otti askelia kohti islamilaista valtiota, erityisesti pääministerin ottamalla käyttöön tavoitteita koskevan päätöslauselman. Khan vuonna 1949, korostaen Allahin suvereniteettia.Tavoitepäätöslauselmassa julisti, että suvereenius koko maailmankaikkeudessa kuuluu Kaikkivaltiaan Allahille.^[5]Pakistanin alkuvuosina nähtiin myös merkittävä muuttoliike Intiasta, erityisesti Karachiin, ^[6] ensimmäiseen pääkaupunkiin.Pakistanin rahoitusinfrastruktuurin vahvistamiseksi hänen valtiovarainministeri Victor Turner toteutti maan ensimmäisen rahapolitiikan.Tähän sisältyi keskeisten instituutioiden, kuten State Bankin, Federal Bureau of Statisticsin ja Federal Revenue -viraston, perustaminen, joiden tarkoituksena oli parantaa maan valmiuksia rahoituksen, verotuksen ja tulojen keräämisen alalla.^[7] Pakistanilla oli kuitenkin merkittäviä ongelmia Intian kanssa.Huhtikuussa 1948 Intia katkaisi vesihuollon Pakistaniin kahdesta Punjabissa sijaitsevasta kanavan päärakennuksesta, mikä pahensi jännitteitä maiden välillä.Lisäksi Intia pidätti alun perin Pakistanin osuuden Yhdistyneen Intian varoista ja varoista.Nämä varat vapautettiin lopulta Mahatma Gandhin painostuksesta.^[8] Alueellisia ongelmia syntyi naapurimaiden Afganistanin kanssa Pakistanin ja Afganistanin rajan yli vuonna 1949 ja Intian kanssa Kashmirin valvontalinjan yli.^[9]Maa halusi myös kansainvälistä tunnustusta, ja Iran oli ensimmäinen, joka tunnusti sen, mutta kohtasi Neuvostoliiton ja Israelin aluksi vastahakoisuutta.Pakistan pyrki aktiivisesti johtajuuteen muslimimaailmassa tavoitteenaan yhdistää muslimimaita.Tämä kunnianhimo kuitenkin kohtasi skeptismin kansainvälisesti ja joidenkin arabimaiden keskuudessa.Pakistan tuki myös erilaisia ​​itsenäisyysliikkeitä muslimimaailmassa.Kotimaassa kielipolitiikasta tuli kiistanalainen kysymys, kun Jinnah julisti urdun valtionkieleksi, mikä johti jännitteisiin Itä-Bengalissa.Jinnahin kuoleman jälkeen vuonna 1948 Sir Khawaja Nazimuddinista tuli kenraalikuvernööri, joka jatkoi kansakunnan rakentamisponnisteluja Pakistanin muodostumisvuosina.