Vaikka pakanallisen valtakunnan kaatumista seurannut interregnum kesti yli 250 vuotta (1287–1555), ensimmäisen Taungoon kaatumisen jälkeinen aika oli suhteellisen lyhytaikainen.Yksi Bayinnaungin pojista, Nyaungyan Min, aloitti välittömästi yhdistymispyrkimyksen palauttaen onnistuneesti keskushallinnon Ylä-Burmaan ja lähempiin Shanin osavaltioihin vuoteen 1606 mennessä. Hänen seuraajansa Anaukpetlun voitti portugalilaiset Thanlyinissa vuonna 1613. Hän palautti Tanintharyin ylemmän rannikon Daweille ja Lan Nalle. siamilaisilta vuoteen 1614 mennessä. Hän valloitti myös trans-Salween Shanin osavaltiot (Kengtung ja Sipsongpanna) vuosina 1622–26.Hänen veljensä Thalun rakensi uudelleen sodan runteleman maan.Hän määräsi Burman historian ensimmäisen väestönlaskennan vuonna 1635, mikä osoitti, että valtakunnassa oli noin kaksi miljoonaa ihmistä.Vuoteen 1650 mennessä kolme taitavaa kuningasta – Nyaungyan, Anaukpetlun ja Thalun – olivat onnistuneesti rakentaneet uudelleen pienemmän mutta paljon paremmin hallittavissa olevan valtakunnan.Vielä tärkeämpää on, että uusi dynastia eteni luomaan oikeudellista ja poliittista järjestelmää, jonka peruspiirteet jatkuivat Konbaung-dynastian aikana pitkälle 1800-luvulle.Kruunu korvasi perinnölliset päälliköt kokonaan nimitetyillä kuvernööriviroilla koko Irrawaddyn laaksossa ja heikensi suuresti Shanin päälliköiden perintöoikeuksia.Se hillitsi myös luostarivarallisuuden ja autonomian jatkuvaa kasvua, mikä antoi suuremman veropohjan.Sen kauppa- ja maalliset hallintouudistukset rakensivat vauraan talouden yli 80 vuodeksi.^[55] Muutamia satunnaisia ​​kapinoita ja ulkoista sotaa lukuun ottamatta – Burma voitti Siamin yrityksen valloittaa Lan Na ja Mottama vuosina 1662–64 – valtakunta oli pääosin rauhassa 1600-luvun loppuosan.Kuningaskunta romahti vähitellen, ja "palatsikuninkaiden" arvovalta heikkeni nopeasti 1720-luvulla.Vuodesta 1724 lähtien meiteilaiset alkoivat hyökätä Chindwin-joen yläosaan.Vuonna 1727 eteläinen Lan Na (Chiang Mai) kapinoi onnistuneesti jättäen vain pohjoisen Lan Nan (Chiang Saen) yhä nimellisemmän Burman vallan alle.Meitei-hyökkäykset tehostivat 1730-luvulla ja saavuttivat yhä syvemmälle Keski-Burman.Vuonna 1740 Mon Ala-Burmassa aloitti kapinan ja perusti palautetun Hanthawaddyn kuningaskunnan, ja vuoteen 1745 mennessä hallitsi suurta osaa Ala-Burmasta.Siamilaiset myös siirsivät valtaansa Tanintharyin rannikolle vuoteen 1752 mennessä. Hanthawaddy hyökkäsi Ylä-Burmaan marraskuussa 1751 ja valloitti Avan 23. maaliskuuta 1752, mikä päätti 266-vuotiaan Taungoo-dynastian.