Aasialaista genetiikkaa koskeva tutkimus viittaa siihen, että alkuperäiset ihmiset Itä-Aasiassa olivat peräisin Kaakkois-Aasiasta.^[14] Niemimaan alkuperäiskansojen ryhmät voidaan jakaa kolmeen etnisyyteen: negritoihin, senoeihin ja proto-malaijiin.^[15] Malaijin niemimaan ensimmäiset asukkaat olivat todennäköisesti Negritos.^[16] Nämä mesoliittiset metsästäjät olivat luultavasti Semangin, etnisen Negrito-ryhmän esi-isiä.^[17] Senoit näyttävät olevan yhdistelmäryhmä, jossa noin puolet äidin mitokondrio-DNA-linjoista on peräisin semangin esivanhemmista ja noin puolet myöhemmistä esi-isien vaelluksista Indokiinasta.Tutkijat ehdottavat, että he ovat varhaisten austroaasiaa puhuvien maanviljelijöiden jälkeläisiä, jotka toivat sekä kielensä että teknologiansa niemimaan eteläosaan noin 4000 vuotta sitten.He yhdistyivät ja sulautuivat alkuperäisväestön kanssa.^[18] Proto-malaysilla on monimuotoisempi alkuperä ^[19] , ja he olivat asettuneet Malesiaan vuonna 1000 eaa. austronesian laajentumisen seurauksena.^[20] Vaikka heillä on joitain yhteyksiä muihin Kaakkois-Aasian merenkulun asukkaisiin, joillakin on myös esi-isä Indokiinassa viimeisen jääkauden aikana noin 20 000 vuotta sitten.Alueet, jotka käsittävät nykyisen Malesian, osallistuivat Maritime Jade Roadiin.Kauppaverkosto oli olemassa 3000 vuotta, vuosina 2000 eaa - 1000 eaa.^[21]Antropologit tukevat käsitystä, että protomalaijat ovat peräisin nykyisestä Yunnanista,Kiinasta .^[22] Tätä seurasi varhaisen holoseenikauden leviäminen Malaijin niemimaan kautta Malaijin saaristoon.^[23] Noin 300 eaa. Deutero-Malays, rauta- tai pronssikautinen kansa, syntyi osittain Kambodžan ja Vietnamin chameista, työnsivät heidät sisämaahan.Ensimmäinen ryhmä niemimaalla, joka käytti metallityökaluja, Deutero-Malays olivat nykypäivän malesialaisten välittömät esi-isät ja toivat mukanaan edistyneitä viljelytekniikoita.^[17] Malaijat pysyivät poliittisesti pirstoutuneina koko Malaijin saaristossa, vaikka yhteinen kulttuuri ja sosiaalinen rakenne olivatkin yhteisiä.^[24]