Vuosina 1241–1242 valtakunta kärsi suuren iskun mongolien hyökkäyksen seurauksena Eurooppaan.Kun mongolit hyökkäsivät Unkariin vuonna 1241, Unkarin armeija voitti tuhoisasti Mohin taistelussa.Kuningas Béla IV pakeni taistelukentältä ja sitten maasta, kun mongolit ajoivat häntä takaa rajoilleen.Ennen kuin mongolit vetäytyivät, suuri osa väestöstä (20-50%) kuoli.^[22] Tasangoilla 50–80 % siirtokunnista tuhoutui.^[23] Vain linnat, vahvasti linnoitettu kaupungit ja luostarit kestivät hyökkäyksen, koska mongoleilla ei ollut aikaa pitkiin piirityksiin – heidän tavoitteenaan oli siirtyä länteen mahdollisimman pian.Piirustuskoneet ja niitä mongoleja varten käyttäneetkiinalaiset ja persialaiset insinöörit oli jätetty Kiovan Venäjän valloitettuihin maihin.^[24] Mongolien hyökkäysten aiheuttamat tuhot johtivat myöhemmin uudisasukkaiden kutsumiseen muualta Euroopasta, erityisesti Saksasta.Mongolien kampanjan aikana Kiovan Venäjää vastaan ​​noin 40 000 kumania , pakanallisen kiptšakkien paimentoheimon jäseniä, karkotettiin Karpaattien länteen.^[25] Siellä kuunit vetosivat kuningas Béla IV:n suojelukseen.^[26] Iranin Jassic-kansa tuli Unkariin yhdessä kumanien kanssa sen jälkeen, kun mongolit voittivat heidät.Kumaanit muodostivat ehkä jopa 7–8 % Unkarin väestöstä 1200-luvun jälkipuoliskolla.^[27] Vuosisatojen kuluessa he sulautuivat täysin unkarilaiseen väestöön, ja heidän kielensä katosi, mutta he säilyttivät identiteettinsä ja alueellisen autonomiansa vuoteen 1876 asti. ^[28]Mongolien hyökkäysten seurauksena kuningas Béla määräsi rakentamaan satoja kivilinnoja ja linnoituksia puolustaakseen mahdollista toista mongolien hyökkäystä vastaan.Mongolit todellakin palasivat Unkariin vuonna 1286, mutta hiljattain rakennetut kivilinnajärjestelmät ja uudet sotilaalliset taktiikat, joihin liittyi suurempi osa raskaasti aseistetuista ritareista, estivät heidät.Kuningas Ladislaus IV:n kuninkaallinen armeija voitti tunkeutuvat mongolien joukot Pestin lähellä.Myöhemmät hyökkäykset torjuttiin myös kätevästi.Béla IV:n rakentamat linnat osoittautuivat myöhemmin erittäin hyödyllisiksi pitkässä taistelussa Ottomaanien valtakuntaa vastaan.Niiden rakentamiskustannukset olivat kuitenkin Unkarin kuninkaan velkaa suurimmille feodaalisille maanomistajille, joten Béla IV:n takaisin ottama kuninkaallinen valta sen jälkeen kun hänen isänsä Andreas II oli heikentänyt sitä merkittävästi, hajaantui jälleen pienemmän aateliston keskuuteen.