نسل کشی زونگار، کشتار جمعی قوم زونگار مغول توسط سلسله چینگ بود.امپراتور کیان لونگ به دلیل شورش در سال 1755 توسط رهبر زونگار آمورسانا علیه حکومت چینگ، پس از اینکه این سلسله برای اولین بار با حمایت آمورسانا خانات زونگار را فتح کرد، دستور نسل کشی را صادر کرد.این نسل کشی توسط ژنرال های مانچویی ارتش چینگ که برای درهم شکستن زونگارها فرستاده شده بودند، انجام شد که توسط متحدان و دست نشاندگان اویغور به دلیل شورش اویغورها علیه حکومت زونگار حمایت می شدند.خانات زونگار کنفدراسیونی از چندین قبایل بودایی تبتی اویرات مغول بود که در اوایل قرن هفدهم پدید آمدند و آخرین امپراطوری بزرگ عشایری در آسیا بود.برخی از محققان تخمین می زنند که حدود 80٪ از جمعیت Dzungar، یا حدود 500000 تا 800000 نفر، در طی یا پس از فتح چینگ در 1755-1757 در اثر ترکیبی از جنگ و بیماری کشته شدند.پس از از بین بردن جمعیت بومی زونگاریا، دولت چینگ سپس مردم هان، هوی، اویغور و ژیبه را به همراه منچو بنرمن در مزارع دولتی در زونگاریا اسکان داد تا این منطقه را دوباره سکنی دهد.