در طول جنگ 1991-1995 بوسنی و جنگ کرواسی، مونته نگرو با نیروهای پلیس و نظامی خود در حملات به شهرهای دوبرونیک، کرواسی و بوسنیایی همراه با سربازان صرب شرکت کرد. نقض فاحش و سیستماتیک حقوق بشر.ژنرال مونته‌نگروی پاوله استروگار از آن زمان به‌خاطر نقشش در بمب‌گذاری دوبرونیک محکوم شد.پناهندگان بوسنیایی توسط پلیس مونته‌نگرو دستگیر و به اردوگاه‌های صرب‌ها در فوچا منتقل شدند و در آنجا تحت شکنجه سیستماتیک قرار گرفتند و اعدام شدند.در ماه مه 1992، سازمان ملل متحد تحریمی را بر FRY اعمال کرد: این امر بر بسیاری از جنبه های زندگی در کشور تأثیر گذاشت.مونته نگرو به دلیل موقعیت جغرافیایی مناسب خود (دسترسی به دریای آدریاتیک و اتصال آبی به آلبانی از طریق دریاچه اسکادار) به مرکز فعالیت های قاچاق تبدیل شد.کل تولیدات صنعتی مونته نگرو متوقف شده بود و فعالیت اصلی اقتصادی جمهوری به قاچاق کالاهای مصرف کننده تبدیل شد - به ویژه کالاهایی که کمبود داشتند مانند بنزین و سیگار، که قیمت هر دو به شدت افزایش یافت.این یک عمل قانونی شده بود و سالها ادامه داشت.در بهترین حالت، دولت مونته نگرو چشم خود را بر این فعالیت غیرقانونی بست، اما بیشتر در آن مشارکت فعال داشت.قاچاق از انواع افراد مخوف، از جمله مقامات ارشد دولتی، میلیونرها را به وجود آورد.میلو جوکانوویچ به دلیل نقش او در قاچاق گسترده در دهه 1990 و ایجاد پناهگاه امن در مونته نگرو برای چهره های مختلف مافیای ایتالیایی که گفته می شود در زنجیره توزیع قاچاق نیز مشارکت داشته اند، همچنان در دادگاه های مختلف ایتالیا با شکایت مواجه است.