آخرین سلطان سلسله مالاکا، سلطان محمود شاه دوم، به دلیل رفتار نامنظم خود مشهور بود که پس از مرگ بندههارا حبیب و متعاقب آن انتصاب بندهاره عبدالجلیل، تا حد زیادی کنترل نشد.این رفتار به اوج خود رسید که سلطان دستور اعدام همسر باردار یک نجیب را به دلیل تخلف جزئی صادر کرد.در تلافی، سلطان توسط اشراف آسیب دیده کشته شد و تاج و تخت را در سال 1699 خالی گذاشت. اورنگ کایاها، مشاوران سلطان، به سا آکار دیراجا، راجا تمنگگونگ از موار مراجعه کردند، او پیشنهاد کرد که بناهارا عبدالجلیل وارث تاج و تخت شود.با این حال، این جانشینی با برخی نارضایتی ها، به ویژه از طرف Orang Laut مواجه شد.در این دوره از بی ثباتی، دو گروه مسلط در جوهور - Bugis و Minangkabau - فرصتی برای اعمال قدرت دیدند.مینانگکابائو راجا کسیل، شاهزاده ای را معرفی کرد که مدعی بود پسر پس از مرگ سلطان محمود دوم است.با وعده ثروت و قدرت، بوگی ها در ابتدا از راجا کسیل حمایت کردند.با این حال، راجا کسیل به آنها خیانت کرد و بدون رضایت آنها تاجگذاری خود را به سلطان جوهور داد و باعث شد سلطان عبدالجلیل چهارم فرار کند و در نهایت کشته شود.در اقدامی تلافی جویانه، بوگی ها با راجا سلیمان، پسر سلطان عبدالجلیل چهارم، متحد شدند که منجر به خلع راجا کسیل در سال 1722 شد. در حالی که راجا سلیمان به عنوان سلطان صعود کرد، او به شدت تحت تأثیر بوگی ها قرار گرفت که در واقع بر جوهور حکومت می کردند.در تمام دوران سلطنت سلطان سلیمان بدرالعلم شاه در اواسط قرن هجدهم، بوگی ها کنترل قابل توجهی بر اداره جوهور داشتند.نفوذ آنها به حدی افزایش یافت که تا سال 1760، خانواده های مختلف بوگیس با دودمان سلطنتی جوهور ازدواج کردند و تسلط خود را بیشتر تثبیت کردند.جوهور تحت رهبری آنها رشد اقتصادی را تجربه کرد که با ادغام تجار چینی تقویت شد.با این حال، در اواخر قرن 18، Engkau Muda از جناح Temenggong شروع به بازپس گیری قدرت کرد، و پایه و اساس شکوفایی آینده سلطنت را تحت هدایت Temenggong عبدالرحمان و فرزندانش گذاشت.