نورمن دوک رابرت گیسکارد از آپولیا در سال 1081 به بهانه دفاع از جانشینی کنستانتین دوکاس که با هلنا دختر رابرت نامزد کرده بود، آماده حمله به امپراتوری بیزانس شد.در همان زمان سلجوقیان شهر سیزیک را تصرف کردند.به الکسیوس ارتش قابل توجهی برای شکست دادن تهدید نورمن سپرده شد، اما با خویشاوندش جان دوکاس توطئه کرد تا در عوض تاج و تخت را برای خود بگیرد.الکسیوس علیه نیکفور شورش کرد و توانست به سرعت قسطنطنیه را محاصره کند و به دلیل نبود ارتش دفاعی آن را به محاصره درآورد.نیکئوفوروس نتوانست حمایت ترکان سلجوقی و نیکفوروس ملیسنوس، رقبای سنتی خود را به دست آورد و بنابراین مجبور شد خود را برای کناره گیری از سلطنت آماده کند.نیکفوروس تصمیم گرفت که تنها انتخابش این است که به نفع ملیسنوس، که در نزدیکی دامالیس در آناتولی بود، کناره گیری کند و برای او در آن سوی تنگه بسفر رسول فرستاد.با این حال، این پیام رسان ها توسط جرج پالیولوژیوس، ژنرال الکسیوس رهگیری شدند و آنها را متقاعد کرد که از الکسیوس حمایت کنند.الکسیوس و نیروهایش در 1 آوریل 1081 دیوارهای قسطنطنیه را شکستند و شهر را غارت کردند.پاتریارک کوسماس نیکفوروس را متقاعد کرد که به جای طولانی کردن جنگ داخلی، از الکسیوس کناره گیری کند.نیکفوروس سپس به ایاصوفیه گریخت و به دنبال پناهگاهی در داخل آن رفت.میکائیل، لوگوتت الکسیوس، سپس نیکفوروس را به صومعه پریبلپتوس همراهی کرد و در آنجا کنار رفت و راهب شد.او اواخر همان سال درگذشت.