Εκείνη την εποχή, έστειλε μια επιστολή στον Πάπα Ιννοκέντιο Γ', προτρέποντάς τον να στείλει έναν απεσταλμένο στη Βουλγαρία .Ήθελε να πείσει τον πάπα να αναγνωρίσει την κυριαρχία του στη Βουλγαρία.Ο Ιννοκέντιος ξεκίνησε με ανυπομονησία αλληλογραφία με τον Καλογιάν επειδή η επανένωση των χριστιανικών δογμάτων υπό την εξουσία του ήταν ένας από τους κύριους στόχους του.Ο απεσταλμένος του Ιννοκεντίου Γ' έφτασε στη Βουλγαρία στα τέλη Δεκεμβρίου 1199, φέρνοντας μια επιστολή του Πάπα στον Καλογιάν.Ο Ιννοκέντιος δήλωσε ότι ενημερώθηκε ότι οι πρόγονοι του Kaloyan είχαν έρθει «από την πόλη της Ρώμης».Η απάντηση του Kaloyan, γραμμένη στα παλαιοεκκλησιαστικά σλαβονικά, δεν έχει διατηρηθεί, αλλά το περιεχόμενό της μπορεί να ανακατασκευαστεί με βάση την μεταγενέστερη αλληλογραφία του με την Αγία Έδρα.Ο Καλογιάν αυτοαποκαλείται «Αυτοκράτορας των Βουλγάρων και των Βλάχων» και υποστήριξε ότι ήταν ο νόμιμος διάδοχος των ηγεμόνων της Πρώτης Βουλγαρικής Αυτοκρατορίας .Απαίτησε ένα αυτοκρατορικό στέμμα από τον Πάπα και εξέφρασε την επιθυμία του να θέσει τη Βουλγαρική Ορθόδοξη Εκκλησία στη δικαιοδοσία του Πάπα.Σύμφωνα με την επιστολή του Kaloyan προς τον Πάπα, ο Αλέξιος Γ' ήταν επίσης πρόθυμος να του στείλει αυτοκρατορικό στέμμα και να αναγνωρίσει το αυτοκέφαλο (ή αυτόνομο) καθεστώς της Βουλγαρικής Εκκλησίας.