Μια μελέτη της ασιατικής γενετικής δείχνει ότι οι αρχικοί άνθρωποι στην Ανατολική Ασία προέρχονταν από τη Νοτιοανατολική Ασία.^[14] Οι αυτόχθονες ομάδες στη χερσόνησο μπορούν να χωριστούν σε τρεις εθνότητες: τους Negritos, τους Senoi και τους Pro-Malays.^[15] Οι πρώτοι κάτοικοι της χερσονήσου της Μαλαισίας ήταν πιθανότατα οι Νεγρίτο.^[16] Αυτοί οι κυνηγοί της Μεσολιθικής εποχής ήταν πιθανώς οι πρόγονοι των Semang, μιας εθνικής ομάδας Negrito.^[17] Οι Senoi φαίνεται να είναι μια σύνθετη ομάδα, με περίπου τις μισές γενεαλογίες του μητρικού μιτοχονδριακού DNA να προέρχονται από τους προγόνους του Semang και περίπου το ήμισυ σε μεταγενέστερες προγονικές μεταναστεύσεις από την Ινδοκίνα.Οι μελετητές προτείνουν ότι είναι απόγονοι πρώιμων αγροτών που μιλούσαν την Αυστροασιάτη, οι οποίοι έφεραν τόσο τη γλώσσα όσο και την τεχνολογία τους στο νότιο τμήμα της χερσονήσου πριν από περίπου 4.000 χρόνια.Ενώθηκαν και συνενώθηκαν με τον αυτόχθονα πληθυσμό.^[18] Οι Πρωτομαλαισιανοί έχουν πιο ποικιλόμορφη καταγωγή ^[19] και είχαν εγκατασταθεί στη Μαλαισία το 1000 π.Χ. ως αποτέλεσμα της αυστρονησιακής επέκτασης.^[20] Αν και δείχνουν κάποιες διασυνδέσεις με άλλους κατοίκους στη Ναυτική Νοτιοανατολική Ασία, μερικοί έχουν επίσης καταγωγή στην Ινδοκίνα περίπου την εποχή του Τελευταίου Μεγίστου των Παγετώνων περίπου 20.000 χρόνια πριν.Οι περιοχές που αποτελούν τη σημερινή Μαλαισία συμμετείχαν στο Maritime Jade Road.Το εμπορικό δίκτυο υπήρχε για 3.000 χρόνια, μεταξύ 2000 π.Χ. έως 1000 μ.Χ.^[21]Οι ανθρωπολόγοι υποστηρίζουν την ιδέα ότι οι Πρωτο-Μαλαίοι προήλθαν από τη σημερινή Γιουνάν τηςΚίνας .^[22] Ακολούθησε μια διασπορά του πρώιμου Ολοκαίνου μέσω της χερσονήσου της Μαλαισίας στο Αρχιπέλαγος της Μαλαισίας.^[23] Γύρω στο 300 π.Χ., ωθήθηκαν στην ενδοχώρα από τους Δευτερο-Μαλαίους, ανθρώπους της Εποχής του Σιδήρου ή της Εποχής του Χαλκού που κατάγονταν εν μέρει από τους Τσάμηδες της Καμπότζης και του Βιετνάμ .Η πρώτη ομάδα στη χερσόνησο που χρησιμοποίησε μεταλλικά εργαλεία, οι Deutero-Malays ήταν οι άμεσοι πρόγονοι των σημερινών Μαλαισιανών Μαλαισίων και έφεραν μαζί τους προηγμένες γεωργικές τεχνικές.^[17] Οι Μαλαισιανοί παρέμειναν πολιτικά κατακερματισμένοι σε όλο το αρχιπέλαγος της Μαλαισίας, αν και μοιράζονταν μια κοινή κουλτούρα και κοινωνική δομή.^[24]