Ο Αγά Μοχάμεντ Χαν, αφού βγήκε νικητής από τον εμφύλιο πόλεμο μετά τον θάνατο του τελευταίου βασιλιά των Ζαντ, επικεντρώθηκε στην επανένωση και τη συγκέντρωση του Ιράν.^[54] Μετά τον Nader Shah και την εποχή Zand, τα καυκάσια εδάφη του Ιράν είχαν σχηματίσει διάφορα χανάτια.Ο Αγά Μοχάμεντ Χαν είχε ως στόχο να ενσωματώσει εκ νέου αυτές τις περιοχές στο Ιράν, θεωρώντας τις εξίσου αναπόσπαστες με κάθε ηπειρωτική επικράτεια.Ένας από τους κύριους στόχους του ήταν η Γεωργία, την οποία θεωρούσε κρίσιμη για την ιρανική κυριαρχία.Απαίτησε από τον Γεωργιανό βασιλιά, Ερεκλή Β', να παραιτηθεί από τη συνθήκη του 1783 με τη Ρωσία και να αποδεχθεί εκ νέου την περσική επικυριαρχία, κάτι που ο Ερεκλής Β' αρνήθηκε.Σε απάντηση, ο Αγά Μοχάμεντ Χαν ξεκίνησε μια στρατιωτική εκστρατεία, επιβεβαιώνοντας με επιτυχία τον έλεγχο του Ιράν σε διάφορα εδάφη του Καυκάσου, συμπεριλαμβανομένης της σύγχρονης Αρμενίας , του Αζερμπαϊτζάν , του Νταγκεστάν και του Ιγκντίρ.Θριάμβευσε στη μάχη του Krtsanisi, που οδήγησε στην κατάληψη της Τιφλίδας και στην αποτελεσματική επανυποταγή της Γεωργίας .^[55]Το 1796, αφού επέστρεψε από την επιτυχημένη εκστρατεία του στη Γεωργία και μετέφερε χιλιάδες Γεωργιανούς αιχμαλώτους στο Ιράν, ο Αγά Μοχάμεντ Χαν στέφθηκε επίσημα Σάχης.Η βασιλεία του διακόπηκε από τη δολοφονία το 1797, ενώ σχεδίαζε μια άλλη εκστρατεία εναντίον της Γεωργίας.Μετά το θάνατό του, η Ρωσία αξιοποίησε την περιφερειακή αστάθεια.Το 1799, οι ρωσικές δυνάμεις εισήλθαν στην Τιφλίδα και μέχρι το 1801 είχαν ουσιαστικά προσαρτήσει τη Γεωργία.Αυτή η επέκταση σηματοδότησε την αρχή των Ρωσο-Περσικών Πολέμων (1804-1813 και 1826-1828), που οδήγησαν στην τελική εκχώρηση της ανατολικής Γεωργίας, του Νταγκεστάν, της Αρμενίας και του Αζερμπαϊτζάν στη Ρωσία, όπως ορίζεται στις Συνθήκες του Γκιουλιστάν και του Τουρκμεντσάι.Έτσι, τα εδάφη βόρεια του ποταμού Άρας, συμπεριλαμβανομένου του σύγχρονου Αζερμπαϊτζάν, της ανατολικής Γεωργίας, του Νταγκεστάν και της Αρμενίας, παρέμειναν μέρος του Ιράν μέχρι την κατοχή τους από τη Ρωσία τον 19ο αιώνα.^[56]Μετά τους Ρωσο-Περσικούς Πολέμους και την επίσημη απώλεια τεράστιων εδαφών στον Καύκασο, σημειώθηκαν σημαντικές δημογραφικές αλλαγές.Οι πόλεμοι του 1804-1814 και του 1826-1828 οδήγησαν σε μεγάλες μεταναστεύσεις γνωστές ως Καυκάσιοι Μουχατζίρ στο ηπειρωτικό Ιράν.Αυτό το κίνημα περιλάμβανε διάφορες εθνοτικές ομάδες όπως Ayrums, Qarapapaqs, Κιρκάσιους, Σιίτες Λεζγκίνους και άλλους μουσουλμάνους της Υπερκαυκασίας.^[57] Μετά τη μάχη της Ganja το 1804, πολλοί Ayrums και Qarapapaqs επανεγκαταστάθηκαν στο Tabriz του Ιράν.Καθ' όλη τη διάρκεια του πολέμου του 1804-1813 και αργότερα κατά τη διάρκεια της σύγκρουσης του 1826-1828, περισσότερες από αυτές τις ομάδες από τα πρόσφατα κατακτημένα ρωσικά εδάφη μετανάστευσαν στο Solduz στη σημερινή επαρχία του Δυτικού Αζερμπαϊτζάν, στο Ιράν.^[58] Οι ρωσικές στρατιωτικές δραστηριότητες και τα ζητήματα διακυβέρνησης στον Καύκασο οδήγησαν μεγάλο αριθμό Μουσουλμάνων και ορισμένους Γεωργιανούς Χριστιανούς στην εξορία στο Ιράν.^[59]Από το 1864 έως τις αρχές του 20ου αιώνα, σημειώθηκαν περαιτέρω απελάσεις και εθελοντικές μεταναστεύσεις μετά τη νίκη των Ρώσων στον Καυκάσιο Πόλεμο.Αυτό οδήγησε σε πρόσθετες μετακινήσεις Καυκάσιων Μουσουλμάνων, συμπεριλαμβανομένων των Αζερμπαϊτζάν, άλλων Μουσουλμάνων της Υπερκαυκασίας και Βορειοκαυκάσιων ομάδων όπως οι Κιρκάσιοι, οι Σιίτες Λεζγκίνοι και οι Λάκοι, προς το Ιράν και την Τουρκία.^[57] Πολλοί από αυτούς τους μετανάστες έπαιξαν κρίσιμους ρόλους στην ιστορία του Ιράν, αποτελώντας σημαντικό μέρος της Περσικής Ταξιαρχίας Κοζάκων που ιδρύθηκε στα τέλη του 19ου αιώνα.^[60]Η Συνθήκη του Τουρκμεντσάι το 1828 διευκόλυνε επίσης την επανεγκατάσταση Αρμενίων από το Ιράν στα πρόσφατα ελεγχόμενα από τη Ρωσία εδάφη.^[61] Ιστορικά, οι Αρμένιοι ήταν πλειοψηφία στην Ανατολική Αρμενία, αλλά έγιναν μειοψηφία μετά τις εκστρατείες του Τιμούρ και την επακόλουθη ισλαμική κυριαρχία.^[62] Η ρωσική εισβολή στο Ιράν άλλαξε περαιτέρω την εθνοτική σύνθεση, οδηγώντας σε Αρμενική πλειοψηφία στην Ανατολική Αρμενία μέχρι το 1832. Αυτή η δημογραφική αλλαγή εδραιώθηκε περαιτέρω μετά τον Κριμαϊκό πόλεμο και τον Ρωσοτουρκικό πόλεμο του 1877-1878.^[63]Κατά τη διάρκεια αυτής της περιόδου, το Ιράν γνώρισε αυξημένη διπλωματική εμπλοκή της Δύσης υπό τον Φαθ Αλί Σαχ.Ο εγγονός του, Mohammad Shah Qajar, επηρεασμένος από τη Ρωσία, προσπάθησε ανεπιτυχώς να καταλάβει το Herat.Ο Naser al-Din Shah Qajar, που διαδέχθηκε τον Mohammad Shah, ήταν πιο επιτυχημένος ηγεμόνας, ίδρυσε το πρώτο σύγχρονο νοσοκομείο του Ιράν.^[64]Ο μεγάλος περσικός λιμός του 1870–1871 ήταν ένα καταστροφικό γεγονός, με αποτέλεσμα τον θάνατο περίπου δύο εκατομμυρίων ανθρώπων.^[65] Αυτή η περίοδος σηματοδότησε μια σημαντική μετάβαση στην περσική ιστορία, που οδήγησε στην Περσική Συνταγματική Επανάσταση κατά του Σάχη στα τέλη του 19ου και στις αρχές του 20ου αιώνα.Παρά τις προκλήσεις, ο Σάχης αποδέχθηκε ένα περιορισμένο σύνταγμα το 1906, μετατρέποντας την Περσία σε συνταγματική μοναρχία και οδήγησε στη σύγκληση του πρώτου Majlis (κοινοβουλίου) στις 7 Οκτωβρίου 1906.Η ανακάλυψη πετρελαίου το 1908 στο Khuzestan από τους Βρετανούς ενέτεινε τα ξένα συμφέροντα στην Περσία, ιδιαίτερα από τη Βρετανική Αυτοκρατορία (που σχετίζονται με τον William Knox D'Arcy και την Anglo-Iranian Oil Company, τώρα BP).Αυτή η περίοδος σημαδεύτηκε επίσης από τη γεωπολιτική αντιπαλότητα μεταξύ του Ηνωμένου Βασιλείου και της Ρωσίας για την Περσία, γνωστή ως The Great Game.Η Αγγλο-Ρωσική Σύμβαση του 1907 χώρισε την Περσία σε σφαίρες επιρροής, υπονομεύοντας την εθνική της κυριαρχία.Κατά τη διάρκεια του Α' Παγκοσμίου Πολέμου , η Περσία καταλήφθηκε από βρετανικές, οθωμανικές και ρωσικές δυνάμεις, αλλά παρέμεινε σε μεγάλο βαθμό ουδέτερη.Μετά τον Πρώτο Παγκόσμιο Πόλεμο και τη Ρωσική Επανάσταση , η Βρετανία προσπάθησε να δημιουργήσει ένα προτεκτοράτο πάνω από την Περσία, το οποίο τελικά απέτυχε.Η αστάθεια εντός της Περσίας, που τονίστηκε από το συνταγματικό κίνημα του Γκιλάν και την αποδυνάμωση της κυβέρνησης των Qajar, άνοιξε το δρόμο για την άνοδο του Reza Khan, αργότερα του Reza Shah Pahlavi, και την εγκαθίδρυση της δυναστείας των Παχλαβί το 1925. Ένα κομβικό στρατιωτικό πραξικόπημα το 1921, οδήγησε από τον Reza Khan της Περσικής Ταξιαρχίας Κοζάκων και τον Seyyed Zia'eddin Tabatabai, είχε αρχικά ως στόχο τον έλεγχο των κυβερνητικών αξιωματούχων και όχι την άμεση ανατροπή της μοναρχίας των Qajar.^[66] Η επιρροή του Ρεζά Χαν αυξήθηκε και το 1925, αφού υπηρέτησε ως πρωθυπουργός, έγινε ο πρώτος Σάχης της δυναστείας των Παχλαβί.