Η κυριαρχία των Σιάμ και του Βιετνάμ εντάθηκε κατά τον 17ο και 18ο αιώνα, με αποτέλεσμα συχνές μετατοπίσεις της έδρας της εξουσίας καθώς η βασιλική εξουσία των Χμερ μειώθηκε σε κατάσταση υποτελούς.Το Σιάμ, το οποίο διαφορετικά θα μπορούσε να θεωρηθεί σύμμαχος κατά των βιετναμικών επιδρομών τον 18ο αιώνα, ενεπλάκη σε παρατεταμένες συγκρούσεις με τη Βιρμανία και το 1767 η πρωτεύουσα του Σιάμ, Αγιουτχάγια καταστράφηκε ολοσχερώς.Ωστόσο, ο Σιάμ ανέκαμψε και σύντομα επανέλαβε την κυριαρχία του στην Καμπότζη.Ο νεαρός βασιλιάς των Χμερ Ang Eng (1779–96) εγκαταστάθηκε ως μονάρχης στο Oudong ενώ ο Σιάμ προσάρτησε τις επαρχίες Battambang και Siem Reap της Καμπότζης.Οι τοπικοί άρχοντες έγιναν υποτελείς υπό την άμεση κυριαρχία των Σιάμ.^[72]Ο Σιάμ και το Βιετνάμ είχαν θεμελιωδώς διαφορετικές στάσεις σχετικά με τη σχέση τους με την Καμπότζη.Οι Σιάμ μοιράζονταν μια κοινή θρησκεία, μυθολογία, λογοτεχνία και πολιτισμό με τους Χμερ, έχοντας υιοθετήσει πολλές θρησκευτικές και πολιτιστικές πρακτικές.^[73] Οι βασιλιάδες Τσάκρι της Ταϊλάνδης ακολούθησαν το σύστημα Τσακραβατίν ενός ιδανικού παγκόσμιου ηγεμόνα, που κυβερνούσε ηθικά και καλοπροαίρετα όλους τους υπηκόους του.Οι Βιετναμέζοι έκαναν μια εκπολιτιστική αποστολή, καθώς θεωρούσαν τον λαό των Χμερ ως πολιτιστικά κατώτερους και θεωρούσαν τα εδάφη των Χμερ ως νόμιμη τοποθεσία για αποικισμό από αποίκους από το Βιετνάμ.^[74]Ένας ανανεωμένος αγώνας μεταξύ του Σιάμ και του Βιετνάμ για τον έλεγχο της Καμπότζης και της λεκάνης του Μεκόνγκ στις αρχές του 19ου αιώνα οδήγησε στην κυριαρχία του Βιετνάμ επί ενός βασιλιά υποτελή της Καμπότζης.Οι προσπάθειες να αναγκαστούν οι Καμποτζιανοί να υιοθετήσουν βιετναμέζικα έθιμα προκάλεσαν αρκετές εξεγέρσεις κατά της βιετναμέζικης κυριαρχίας.Το πιο αξιοσημείωτο έλαβε χώρα από το 1840 έως το 1841, και εξαπλώθηκε σε μεγάλο μέρος της χώρας.Το έδαφος του Δέλτα του Μεκόνγκ έγινε εδαφική διαμάχη μεταξύ Καμποτζιανών και Βιετναμέζων.Η Καμπότζη έχασε σταδιακά τον έλεγχο του Δέλτα του Μεκόνγκ.