Την άνοιξη του 492 π.Χ. συγκεντρώθηκε ένα εκστρατευτικό σώμα, με διοικητή τον γαμπρό του Δαρείου, Μαρδόνιο, αποτελούμενο από στόλο και χερσαίο στρατό.Ενώ ο απώτερος στόχος ήταν να τιμωρήσει την Αθήνα και την Ερέτρια, η αποστολή είχε επίσης στόχο να υποτάξει όσο το δυνατόν περισσότερες από τις ελληνικές πόλεις.Αναχωρώντας από την Κιλικία, ο Μαρδόνιος έστειλε το στρατό να βαδίσει στον Ελλήσποντο, ενώ ταξίδευε με τον στόλο.Ταξίδεψε τις ακτές της Μικράς Ασίας προς την Ιωνία, όπου πέρασε ένα μικρό χρονικό διάστημα καταργώντας τις τυραννίες που κυβέρνησαν τις πόλεις της Ιωνίας.Κατά ειρωνικό τρόπο, δεδομένου ότι η εγκαθίδρυση των δημοκρατιών ήταν βασικός παράγοντας στην Ιωνική Εξέγερση, αντικατέστησε τις τυραννίες με δημοκρατίες. Η εγκαθίδρυση της δημοκρατίας από τον Μαρδόνιο εδώ μπορεί να θεωρηθεί ως μια προσπάθεια να ειρηνεύσει την Ιωνία, επιτρέποντας την προστασία της πλευράς του καθώς προχωρούσε προς τον Ελλήσποντο και μετά στην Αθήνα και την Ερέτρια.Από εκεί ο στόλος συνέχισε προς τον Ελλήσποντο και όταν όλα ήταν έτοιμα, έστειλε τις χερσαίες δυνάμεις στην Ευρώπη.Στη συνέχεια, ο στρατός πέρασε μέσω της Θράκης, υποτάσσοντάς την εκ νέου, αφού αυτά τα εδάφη είχαν ήδη προστεθεί στην Περσική Αυτοκρατορία το 512 π.Χ., κατά την εκστρατεία του Δαρείου κατά των Σκυθών.Όταν έφτασαν στη Μακεδονία, οι Πέρσες την ανάγκασαν να γίνει πλήρως υποτελές τμήμα της Περσικής Αυτοκρατορίας.ήταν υποτελείς των Περσών από τα τέλη του 6ου αιώνα π.Χ., αλλά διατήρησαν τη γενική αυτονομία τους.Στο μεταξύ, ο στόλος πέρασε στη Θάσο, με αποτέλεσμα οι Θάσιοι να υποταχθούν στους Πέρσες.Στη συνέχεια, ο στόλος γύρισε την ακτογραμμή μέχρι την Άκανθο στη Χαλκιδική, πριν επιχειρήσει να περικυκλώσει το ακρωτήριο του Αγίου Όρους.Ωστόσο, τους έπιασε μια σφοδρή καταιγίδα, που τους οδήγησε ενάντια στην ακτογραμμή του Άθωνα, ναυάγησε (σύμφωνα με τον Ηρόδοτο) 300 πλοία, με απώλεια 20.000 ανδρών.Στη συνέχεια, ενώ ο στρατός ήταν στρατοπεδευμένος στη Μακεδονία, οι Βρυγιάνοι, μια τοπική Θρακική φυλή, ξεκίνησαν μια νυχτερινή επιδρομή κατά του Περσικού στρατοπέδου, σκοτώνοντας πολλούς από τους Πέρσες και τραυματίζοντας τον Μαρδόνιο.Παρά τον τραυματισμό του, ο Μαρδόνιος φρόντισε να ηττηθούν και να υποταχθούν οι Βρυγιάνοι, πριν οδηγήσει τον στρατό του πίσω στον Ελλήσποντο.τα υπολείμματα του ναυτικού υποχώρησαν και στην Ασία.Αν και αυτή η εκστρατεία έληξε άδοξα, οι χερσαίες προσεγγίσεις προς την Ελλάδα είχαν εξασφαλιστεί και οι Έλληνες είχαν αναμφίβολα ενημερωθεί για τις προθέσεις του Δαρείου γι' αυτούς.