Die Kreuzfahrer begannen Ende April 1097 Konstantinopel zu verlassen. Gottfried von Bouillon war der erste, der in Nicäa ankam, ihm folgten Bohemund von Taranto, Bohemunds Neffe Tankred, Raymond IV. von Toulouse und Robert II. von Flandern sowie Peter der Einsiedler und einige der Überlebenden des Volkskreuzzugs sowie eine kleine
byzantinische Streitmacht unter Manuel Boutoumites.Sie kamen am 6. Mai an, da es ihnen stark an Nahrungsmitteln mangelte, aber Bohemond sorgte dafür, dass Nahrungsmittel auf dem Land- und Seeweg gebracht wurden.Sie belagerten die Stadt ab dem 14. Mai und verteilten ihre Streitkräfte auf verschiedene Abschnitte der Stadtmauer, die mit 200 Türmen gut verteidigt war.Bohemond lagerte auf der Nordseite der Stadt, Godfrey im Süden und Raymond und Adhemar von Le Puy am Osttor.Am 16. Mai brachen die türkischen Verteidiger zum Angriff auf die Kreuzfahrer auf, doch die
Türken wurden in einem Gefecht mit dem Verlust von 200 Mann besiegt.Die Türken schickten Botschaften an Kilij Arslan und baten ihn um Rückkehr, und als er die Stärke der Kreuzfahrer erkannte, kehrte er schnell um.Eine Vorhut wurde am 20. Mai von Truppen unter Raymond und Robert II. von Flandern besiegt, und am 21. Mai besiegte die Kreuzfahrerarmee Kilij in einer offenen Schlacht, die bis spät in die Nacht dauerte.Die Verluste waren auf beiden Seiten hoch, aber am Ende zog sich der Sultan trotz der Bitten der Nicäer-Türken zurück.Der Rest der Kreuzfahrer traf im Laufe des restlichen Mais ein, Robert Curthose und Stephan von Blois trafen Anfang Juni ein.In der Zwischenzeit bauten Raymond und Adhemar eine große Belagerungsmaschine, die zum Gonatas-Turm gerollt wurde, um die Verteidiger auf den Mauern anzugreifen, während Bergleute den Turm von unten aus verminten.Der Turm wurde beschädigt, aber es wurden keine weiteren Fortschritte erzielt.Der byzantinische Kaiser Alexios I. beschloss, die Kreuzfahrer nicht zu begleiten, sondern marschierte hinter ihnen her und schlug sein Lager im nahe gelegenen Pelecanum auf.Von dort aus schickte er Boote über das Land, um den Kreuzfahrern bei der Blockade des Ascanius-Sees zu helfen, der bis zu diesem Zeitpunkt von den Türken zur Versorgung Nicäas mit Nahrungsmitteln genutzt worden war.Die Boote kamen am 17. Juni unter dem Kommando von Manuel Boutoumites an.Auch der General Tatikios wurde mit 2.000 Fußsoldaten entsandt.Alexios hatte Boutoumites angewiesen, ohne Wissen der Kreuzfahrer heimlich über die Übergabe der Stadt zu verhandeln.Tatikios wurde angewiesen, sich den Kreuzfahrern anzuschließen und einen direkten Angriff auf die Mauern zu starten, während die Boutoumiten vorgaben, dasselbe zu tun, um den Eindruck zu erwecken, als hätten die Byzantiner die Stadt im Kampf erobert.Dies geschah und am 19. Juni ergaben sich die Türken den Boutoumiten.Als die Kreuzfahrer herausfanden, was Alexios getan hatte, waren sie ziemlich wütend, da sie gehofft hatten, die Stadt für Geld und Vorräte zu plündern.Boutoumites wurde jedoch zum Dux von Nicäa ernannt und verbot den Kreuzfahrern, in Gruppen von mehr als 10 Männern gleichzeitig einzumarschieren.Boutoumites vertrieb auch die türkischen Generäle, die er für ebenso unglaubwürdig hielt.Kilij Arslans Familie ging nach Konstantinopel und wurde schließlich ohne Lösegeld freigelassen.Alexios gab den Kreuzfahrern Geld, Pferde und andere Geschenke, aber die Kreuzfahrer waren damit nicht zufrieden, da sie glaubten, sie hätten noch mehr haben können, wenn sie Nicäa selbst erobert hätten.Boutoumiten erlaubten ihnen nicht zu gehen, bis sie alle Alexios einen Vasalleneid geschworen hatten, wenn sie dies noch nicht in Konstantinopel getan hatten.Wie schon in Konstantinopel weigerte sich Tankred zunächst, gab aber schließlich nach.Die Kreuzfahrer verließen Nicäa am 26. Juni in zwei Kontingenten: Bohemond, Tancred, Robert II. von Flandern und Tatikios an der Spitze und Gottfried, Balduin von Boulogne, Stephan und Hugo von Vermandois im Hintergrund.Tatikios wurde beauftragt, die Rückgabe eroberter Städte an das Reich sicherzustellen.Ihre Stimmung war hoch und Stephanus schrieb an seine Frau Adela, dass sie damit rechneten, in fünf Wochen in Jerusalem zu sein.