Huayna Capac dør, muligvis af kopper (en epidemi var ved at rive igennem den nye verden umiddelbart efter dens indførelse af spanierne).Katastrofalisk havde Huayna Capac undladt at navngive en arving før hans død.Den efterfølgende magtkamp mellem hans to sønner, Huáscar og Atahualpa, fører til sidst til en borgerkrig.Huascar overtager tronen støttet af adelen i Cusco.I mellemtiden bliver Atahualpa, som blev betragtet som en mere dygtig administrator og kriger, kronet som Sapa Inca i Quito.Det er uvist, hvor mange inkaer der blev dræbt eller døde under borgerkrigen.Den anslåede befolkning i Inkariget før en epidemi (sandsynligvis af en europæisk sygdom) og den spanske erobring er anslået til mellem 6 og 14 millioner mennesker.Borgerkrigen, en epidemi og den spanske erobring resulterede i en befolkningstilbagegang over flere årtier anslået til 20:1 eller 25:1, hvilket betyder, at befolkningen faldt med 95 procent.